美国能源部一直持续大额资助绿色植物比较基因组研究（www.phytozome.net），绿色植物的太阳能储存模式是最经济的太阳能利用模式。从此可以看出，比较基因组研究的重要性。比较基因组研究主要研究基因组的序列特征，包括DNA序列，基因，基因顺序，调控序列及其他结构特征。

    比较基因组研究的目标就是找出基因组的保守特征，从而发现那些基因是保守的，那些基因是分歧快的。从而发现表型变异的基因组基础。

   目前比较基因组研究凸显了量大主题：

   1）在植物，部分基因组即使在不同属间，也呈现了高度的保守性，即使生殖隔离了数百万年，也还呈现了        大量的相似性。

   2）通过古老的全基因组复制事件（WGD）或部分基因组复制事件(SD)，出现了DNA序列的移动（易位），基        因丢失，局部重排，造成了大量的共线性偏离。

  随着基因组测序技术的进步，比较基因组不再局限于种间，也拓展到种内，拟南芥和大豆都做了多个品系的全基因组测序。不同品系的基因组也存在很多差异。宏基因组（pan-genome）的研究提上日程，宏基因组研究的目标就是找到核心基因组（core genome），与之相对的是可有可无基因组（dispensable genome），还可以挖掘独特的特异基因（unique genes）。但是这些结果仅仅是在有限样本里面研究出来的，不是严格生物学意义上的。