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理解基因组数据分析之建模与可视化篇
热度 1 于淼 2015-8-30 13:58
原始数据导入时我们所遇到的背景问题说到底是测定的系统误差,期望可以看作0。但有些影响是我们不希望看到但依旧存在的,例如你测定了100多份基于地区分布的人体样本中的感兴趣基因组,但由于采样原因不可能同时采集,而时间的差异会直接导致诸如温度等影响了样本的均质性,这种情况下进行统计推断就需要平衡掉这些因素的 ...
个人分类: 科搜研手册|6135 次阅读|6 个评论 热度 1
理解基因组数据分析之差异比较篇
于淼 2015-8-29 11:14
先从最简单的例子来,假设我们比较两组人的平均身高该如何做?我们要对两组人采样,采样数最好一样,然后测量每个样本的身高,记录后分组计算均值与方差。如果目的是比较均值,那么首先要考虑使用的方法,如果是t检验,那么先对均值的方差进行F检验来确定是否需要等方差t检验,然后就是双样本t检验,结果显著(p0.05) ...
个人分类: 科搜研手册|7933 次阅读|没有评论
理解基因组数据分析之数据读取与数据结构篇
于淼 2015-8-28 09:43
这一系列的文章源于edx上PH525这一系列 (https://www.edx.org/course/statistics-r-life-sciences-harvardx-ph525-1x),从实用角度出发分为四部分: - 原始数据读取与数据结构 - 高维数据的分组差异比较 - 基因组数据建模与可视化 - 结果注释与通路分析 其实就是按工作流程走的,首先设计实验,跑芯片,然后拿到机器 ...
个人分类: 科搜研手册|3720 次阅读|没有评论
帕斯卡的钱包
热度 1 于淼 2015-8-18 10:55
如何做慈善?是跑到穷苦山沟里建学校?初一十五舍粥?还是说——做科研?这周Vox的一篇 文章 给我安利了一个概念:有效利他。 对一个有效利他主义者而言,做慈善眼光要足够长远,头脑要足够理性,行动要足够高效。换言之,如果你打算让世界变得好一点,就要有足够的智慧去经营。举例而言,你是个金融博士生,可能打算 ...
个人分类: 科搜研手册|1820 次阅读|1 个评论 热度 1
不吃早餐会肥胖?
热度 1 于淼 2015-8-13 21:33
起 放假回家面临的最大难题在于如何起床?其实问题也不是起床,而是不管起的有多晚都得听话吃早饭。最夸张的一次十点爬起来吃早饭,十二点又吃了午饭。为了有理有据的反驳必须吃早饭的观点,我决定查下资料。下面这个过程应该在你的电脑上也能完成。 承 有一种说法叫“早吃好,午吃饱,晚吃少”;对于老年人则应该少食多餐 ...
个人分类: 科搜研手册|3712 次阅读|4 个评论 热度 1
马尔可夫模型下的贫富差距
热度 3 于淼 2015-2-22 11:18
过年都在谈计划,关键词是增长,每个人都想来年比今年更好。那么问题来了,在一个稳定的社会中大家都想富裕是否可能?当然可能,毕竟都在创造价值。那说的更现实些,谈钱呢?假如说家庭年均收入超过X可认为富裕,当前富裕的人继续保持富裕的概率为p,而当前不富裕的人继续不富裕的概率为q,那么我们可以构建下面的转移矩阵 ...
个人分类: 科搜研手册|4420 次阅读|6 个评论 热度 3
如何用图来折磨读者
热度 7 于淼 2015-2-14 21:09
威斯康星大学的 Karl Broman 教授除了喜欢晒 照片 让别人用各种模型计算自己洗衣机里的袜子到底有 多少双 以外还有个小爱好:告诉大家如何画一张可以让读者如坠云雾的 图 。我在实验室是坚(zhuang)决(bi)不用excel,sigmaplot,origin等交互式软件出图的,但一直没有说原因,下面结合Broman教授的网页聊下在科研制图中折磨 ...
个人分类: 科搜研手册|8486 次阅读|8 个评论 热度 7

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