置顶 · 我和我的《现代科研指北》

热度 5 2022-9-6 11:50

《现代科研指北》终于正式 出版 了，这是一本写给想做科研、正在做科研或假装正在做科研的朋友们的书。虽然人口在不远的将来可能面临负增长，但研究生群体还在高速增长，研究生所需的科研技能训练，当前高等教育还没有广泛覆盖到，很多科研趋势也难以及时反映到教材里。这本书是我对当前科研现状及研究方法的经验总结，希 ...

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理解基因组数据分析之建模与可视化篇

热度 1 于淼 2015-8-30 13:58

原始数据导入时我们所遇到的背景问题说到底是测定的系统误差，期望可以看作0。但有些影响是我们不希望看到但依旧存在的，例如你测定了100多份基于地区分布的人体样本中的感兴趣基因组，但由于采样原因不可能同时采集，而时间的差异会直接导致诸如温度等影响了样本的均质性，这种情况下进行统计推断就需要平衡掉这些因素的 ...

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理解基因组数据分析之差异比较篇

于淼 2015-8-29 11:14

先从最简单的例子来，假设我们比较两组人的平均身高该如何做？我们要对两组人采样，采样数最好一样，然后测量每个样本的身高，记录后分组计算均值与方差。如果目的是比较均值，那么首先要考虑使用的方法，如果是t检验，那么先对均值的方差进行F检验来确定是否需要等方差t检验，然后就是双样本t检验，结果显著（p0.05） ...

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理解基因组数据分析之数据读取与数据结构篇

于淼 2015-8-28 09:43

这一系列的文章源于edx上PH525这一系列 (https://www.edx.org/course/statistics-r-life-sciences-harvardx-ph525-1x)，从实用角度出发分为四部分： - 原始数据读取与数据结构 - 高维数据的分组差异比较 - 基因组数据建模与可视化 - 结果注释与通路分析 其实就是按工作流程走的，首先设计实验，跑芯片，然后拿到机器 ...

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帕斯卡的钱包

热度 1 于淼 2015-8-18 10:55

如何做慈善？是跑到穷苦山沟里建学校？初一十五舍粥？还是说——做科研？这周Vox的一篇 文章 给我安利了一个概念：有效利他。 对一个有效利他主义者而言，做慈善眼光要足够长远，头脑要足够理性，行动要足够高效。换言之，如果你打算让世界变得好一点，就要有足够的智慧去经营。举例而言，你是个金融博士生，可能打算 ...

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不吃早餐会肥胖？

热度 1 于淼 2015-8-13 21:33

起 放假回家面临的最大难题在于如何起床？其实问题也不是起床，而是不管起的有多晚都得听话吃早饭。最夸张的一次十点爬起来吃早饭，十二点又吃了午饭。为了有理有据的反驳必须吃早饭的观点，我决定查下资料。下面这个过程应该在你的电脑上也能完成。 承 有一种说法叫“早吃好，午吃饱，晚吃少”；对于老年人则应该少食多餐 ...

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马尔可夫模型下的贫富差距

热度 3 于淼 2015-2-22 11:18

过年都在谈计划，关键词是增长，每个人都想来年比今年更好。那么问题来了，在一个稳定的社会中大家都想富裕是否可能？当然可能，毕竟都在创造价值。那说的更现实些，谈钱呢？假如说家庭年均收入超过X可认为富裕，当前富裕的人继续保持富裕的概率为p，而当前不富裕的人继续不富裕的概率为q，那么我们可以构建下面的转移矩阵 ...

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如何用图来折磨读者

热度 7 于淼 2015-2-14 21:09

威斯康星大学的 Karl Broman 教授除了喜欢晒 照片 让别人用各种模型计算自己洗衣机里的袜子到底有 多少双 以外还有个小爱好：告诉大家如何画一张可以让读者如坠云雾的 图 。我在实验室是坚(zhuang)决(bi)不用excel，sigmaplot，origin等交互式软件出图的，但一直没有说原因，下面结合Broman教授的网页聊下在科研制图中折磨 ...

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