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极具潜力的癌症分子标志物:DNA甲基化
热度 1 古槿 2016-11-3 13:48
极具潜力的癌症分子标志物:DNA 甲基化 临床上,原发性肝细胞癌(hepatocellularcarcinoma )目前仅有两个常用的分子标志物AFP (甲胎蛋白)和SF (铁蛋白),均是上世纪60 、70 年代发现的。在找肝癌分子标志物的相关研究中,很大一部分都是找基于遗传物质的分子标志物,但是很难将这些分子标志物与临床的 ...
9772 次阅读|1 个评论 热度 1
交叉学科生物信息学的三类研究
热度 3 古槿 2016-9-5 09:01
搞交叉学科研究不易,常在传统学科中间受夹板气。一个“学科”界定清楚自己的内涵和外延是非常重要的,今天秋高气爽,步行到地铁站上班的途中,对生物信息学的研究有一点想法,先记下来,日后再加以完善。 第零类 (新增):基础的数据处理方法与理论。这其实是生物信息学最早的定义之一。如经典的序列比对算法,Smit ...
个人分类: 科研笔记|5253 次阅读|3 个评论 热度 3
精准医学与个体化医学的那些事
热度 8 古槿 2016-8-12 17:08
放假前跟人聊天,说起最近时髦的精准医学和前些年火爆的个体化医学是啥关系?是不是老概念又拿出来重新炒作?让我们来了解下两者的异同: 精准医学(Precision Medicine) 自从奥巴马做为国家战略提出后,不断在全球刷屏,各国政府纷纷部署跟进。“精准”医学精准在哪?是相对目前医学的主要的诊断 ...
8256 次阅读|15 个评论 热度 8
对研究生的建议3:开题前需要完成哪些工作?
热度 3 古槿 2016-7-21 15:43
开题是研究工作的关键环节,错误的选题对研究生的学术生命无疑是致命的。最近在跟要开题的研究生交流时,发现不少同学对开题调研一些最基本的要点不清楚,或者被动的等待导师给“指定题目”。特写此篇博文,希望大家对照要点认真的、主动的完成准备工作: 1、与导师讨论,大致确定研究课题; 2、围绕课题进行系统 ...
3862 次阅读|3 个评论 热度 3
DNA修复机制是癌症治疗的双刃剑:TCGA临床药物响应分析的启示
热度 4 古槿 2016-5-27 12:15
基因组坏了,修还是不修?这是个问题。 顺铂( cisplatin )是常用化疗药,会进入细胞核与DNA结合,导致基因组损伤,进而引起细胞死亡。DNA修复通路是维持基因组稳定性的重要机制,但这套机制对顺铂引起的基因组损伤也可以进行修复,减少因基因组破坏导致的癌细胞死亡;同时顺铂引起的基因组变化被修复成了 ...
个人分类: 科研笔记|10011 次阅读|7 个评论 热度 4
[转载]The Scientist: 肥胖与癌症 zz
古槿 2015-11-3 10:33
http://www.the-scientist.com/?articles.view/articleNo/44280/title/Breaking-the-Cancer-Obesity-Link/ 要点如下: 1、流行病学调研表明,肥胖会提升多种癌症(主要是消化道、生殖系统)风险、导致预后差、减低化疗效果; 2、从机制上解释,肥胖会导致多种细胞因子如胰岛素等高表达、代谢异常(所谓的代谢性炎 ...
个人分类: 科研笔记|2785 次阅读|没有评论
LRAcluster:基于低秩近似的多组学数据快速降维与聚类分析
古槿 2015-7-5 19:27
基于低秩近似的多组学数据快速降维与聚类分析 LRAcluster优点 :能处理Gaussian、Possion、Binomial分布;速度快;保证低维空间正交 适用于大规模多组学数据的整合分析!欢迎使用! http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/software/lracluster ============================================= Fast dim ...
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数据审编(data curation)——数据到知识的关键一步
热度 2 古槿 2015-4-27 09:17
第八届国际生物审编(biocuration)大会在北京友谊宾馆召开(4月23日-4月26日),周六(4月25日)晚上遗传学会的生物大数据分会成立。近些年,生物医学方面的文献数量飞速增长,文献中研究结果的“可信度”良莠不齐,给基于文献的审编工作带来很大挑战;当然,更大的挑战来自于大规模、高通量组学数据及其生物样本注释数据 ...
个人分类: 科研笔记|12516 次阅读|2 个评论 热度 2

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