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韩春雨老师的研究有没有问题? 精选

已有 47063 次阅读 2016-7-7 15:58 |系统分类:观点评述

上来咱先讲两个无关的事情。一般来说,大家平时读文献,即使是非常有意思的工作,往往也就是读一读,如果跟作者是朋友的话,还会打电话、发微信点个赞,但真正有意思到你愿意去重复人家的工作,并且接着继续做下去,那就难得了。这么多年读别人的文章,读完立马动手重复别人工作的,大概一只手就可以数得过来。主要是大家都很忙,而且都有自己专注的研究方向,什么文章都重复是不现实的。最近读了一篇很有意思的论文,马上和学生商量重复人家的算法然后接着做。学生很聪明,分分钟就看懂了文章然后就开始热火朝天的写代码了。过了几天,学生很郁闷的告诉我,说按照人家论文写的做结果做不出来。我仔细看了看文章,跟学生讲,他这一步的算法实现并不是严格按照他写的来做的,有些小调整他没有讲,然后告诉学生这个作者大致应该是怎么做的,末了说你要不信就写信问作者。学生于是写信问作者究竟是怎么做的,作者也很快回信,大致就是说重复这个算法要“看情况”,跟我说的差不多。学生顿时蒙圈了:这唱的哪一出啊?我跟学生讲,这个吧,第一,很多期刊发表论文都是有字数限制的,不可能什么都写上,所以只能挑关键的来写;第二,作者往往会觉得某些内容是不言自明的,审稿人可能也觉得这些细节不值得关注,所以不写,但对于读者来说未必那么不言自明;第三,做研究要“依葫芦画瓢”,就算重复人家的研究方案,也是一边重复一边调整,依葫芦画葫芦那不成复印机了?

第二个事儿,是前段时间在加拿大开会,主办方很热心,晚宴的时候还邀请了知名学者作陪。坐我边上的这位一看就是资深学者,搞噬菌体研究的,名字念起来像是法裔,所以大家上来先聊学术,从波尔聊到“噬菌体三主教”德尔布吕克、卢利亚和赫尔希,然后德尔布吕克忽悠了一位更大牌的学者,薛定谔,写了本《生命是什么?》,至今还被许多学科例如咱生物信息领域视为圣经;卢利亚有个学生叫沃森(嗯,就是James Watson);赫尔希1964年忽悠了一位年轻人搞DNA测序,这位当时的年轻人,也就是吴瑞先生,后来发明了DNA测序中的核心技术“引物延伸法”(Primer-extension method);后来1973年吴瑞先生招了一位极有才华的博士生,Jack Szostak,因为端粒的研究获2009年诺贝尔生理学或医学奖;后来Jack招了一位极有才华的博士生,Jennifer Doudna,因为CRISPR的研究名扬天下并且可能有机会拿诺奖。然后大家就开始痛斥Eric S. Lander那篇《CRISPR英雄传》写的太猥琐,说好的男女平等呢?你捧你家小弟没有问题,可直接把两位女主角写成龙套这是几个意思?于是大家无语了半天,然后低头,吃饭。

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讲完废话咱开始讲正事儿。话说今年五月初关于韩老师发表NgAgo研究工作的新闻刚出来的时候,大家都比较蒙圈儿,第一反应是找地图看河北科技大学在哪里,第二反应是感觉这肯定不是自己的想法,抱人家大腿蹭一篇文章没有什么了不起。等到后来大家反应过来居然是韩老师自己的想法,朋友圈儿瞬间刷爆,这么艰难的条件,这么有意思的研究,太厉害了。大家纷纷表态:是时候亮出我30年韩春雨粉丝的身份了!

当然后来各种各样的科普、介绍文章就出来了,咱那段时间事情多,并且咱也不是做CRISPR的,技术细节还得慢慢读文献,等看明白了发现能写的大家已经写干净了。这几天咱科大的方学长发文质疑韩老师的结果是否可以重复,韩老师也做了回应,不过比较偏技术,我也不是很能看的明白。这样问题就来了:韩老师的研究有没有问题?

咱的回答是:目前没有。原因在于,一般来说,一个看起来很重要的研究成果,在发表之后要经历三个阶段,第一,发表以及发表之后学术或公共媒体的关注和报道,这样迅速让该成果能被学者们看到;第二,如果的确是非常重要的成果,必然会有许多学者开始重复实验,跟进研究,有人能重复的出来,有人重复不出来;第三,如果大多数学者重复不出来,那这个成果就不能被认可;当然如果大多数学者可以重复出来,那么就会被主流学界所接受,成为科学大厦上的一块板砖。韩老师的论文发表至今也不过两个月,并且是在线发表还没有正式刊号,所以正处于第二个阶段,大家或证实或证伪,还需要相当长的时间才能够得到结论,当然因为基因编辑这个领域发展很快,估计1~2年内也就搞清楚了。另外,既然已经都问到细节,那么缺省的状态是大家已经接受这是一个有趣并且重要的工作。所以不管是不是方学长质疑,这都是学术成果在被认可过程中很正常的情况,而且公开质疑当然比私下说闲话要光明磊落的多。当然喽,作为中国的学者,我们应该相信中国科学家的研究能力和职业态度,至少NBT的编辑和审稿人已经认可韩老师的工作,而且大家的重复、改进、优化之类的后续工作也正在进行中,大家总应该对韩老师有点儿信心不是?

然后再讲几个问题。第一,韩老师的工作好不好?答:很好很赞很厉害。有证据吗?有的。北大的文胜兄是国内CRISPR领域里顶级的学者,他有评价可以查到。另外,虽然Eric S. Lander的《CRISPR英雄传》对两位女科学家不太厚道,但基本上该写的重要人物都写了。其中还有两位在CRISPR早期发展中有极重要贡献的学者,一位是加拿大拉瓦尔大学从事噬菌体研究的Sylvain Moineau教授,主要贡献是搞清楚了细菌CRISPRCas7Cas9协同切割核酸(注意是nucleic acid,没有确定是DNA)从而获得对噬菌体的免疫能力;另一位是荷兰瓦格宁根大学的John van der Oost教授,主要贡献是发现crRNA对于CRISPR系统是必须的,John也猜测CRISPR的底物是DNA,但仅仅是“假设”。John的贡献很多,例如发现原核Ago蛋白可以通过单链5’磷酸化的DNA识别并切割底物DNA2014Nature论文),并且也找到了TtAgo,在75 oC的时候有较好的切割活性。围绕DNA引导的基因编辑,John也做了不少工作,例如找到PfAgo大约在80-100 oC有较好的活性。当然如果Ago不能在常温下工作,那么这条技术路线是走不通的。所以这也就是韩老师的贡献:发现NgAgo并且在常温下有良好的切割活性。在加拿大晚宴的时候,我问这位搞噬菌体研究的法裔教授,说您看过韩老师的论文吗?答:没有。所以回来之后就把韩老师的文章发了过去,人家的回复是“indeed very interesting and promising”,而且也指出这是在John van der Oost2014Nature论文之后的一个“nice improvement”。

第二,这个工作是“诺奖级”吗?答:清华有位科学家说,“科学家切忌媚众”,所以科学家要有独立思考的习惯和能力,新闻媒体自然要正面报道,适度的艺术加工是可以理解的,但学者们不要装看不懂,假装小白有意思吗?不能做个什么东西都是“诺奖级”,当然“诺奖级”这个名词的发明,本身就很让大家无语:本来就够急功近利了,何必推波助澜?当然因为“跟风”两字,某教授已经被骂惨了,咱要很机智的回答这个问题:可以参见加拿大这位法裔教授的评价,如觉得有问题自行发信过去吵架,我可是好人啊。

第三,说一下老高的博文《我支持韩春雨工作的论文发表到学术期刊上》。我认真读了,写的不错,不过有几个问题。第一,您这中文摘要跟这英文摘要一致度不高吧?审稿人没问这个问题?那编辑干啥去了?第二,改造或者筛选酶,一般不用基于序列的预测方法,主流方法是两种,一种是拿噬菌体展示之类的技术筛,另外一种是解析了结构根据结构来改残基。第三,您这参考文献没有营养吧?John van der Oost那篇文章哪儿去了?就算韩老师做报道,我不相信他会不讲John的文章。

不是总结的总结。话说中国人跟法国人真是一样一样的,聊学术大家也就应付公事聊一聊,等聊到美食的时候大家都来劲了,所以我用标准普通话跟跟这位法裔教授讲,我们家经常吃“马卡龙”、“可丽露”和“费南雪”,老法居然听懂了而且点头说他们家也一样。回来了之后豆儿妈不高兴了,说你有没有跟他讲“车轮泡芙”和“歌剧院蛋糕”?我说泡芙的英文是啥?豆儿妈说你是棒槌吗?想了想,明白了,讲中文人家也听的懂,音译嘛。



韩春雨事件
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