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第二届代谢组学年会有感

已有 1033 次阅读 2021-10-3 11:54 |系统分类:科研笔记

中国生物物理学会代谢组学分会第二届年会有感

赵秀举 41*3915 dzrdez@163.com

中国生物物理学会代谢组学分会第二届年会暨代谢组学国际研讨会于9月24到26日在魔都上海博雅酒店举行。

会议以色谱质谱(XC-MS)为主基调,以代谢组定性分析(变量,即代谢物、脂质归属指认注释)为主要内容,还有单细胞代谢组学和代谢组学-全基因组相关(mGWAS)。

会议中核磁共振(NMR)的报告很少,涉及样本(如人群队列)的代谢组学报告很少,同时研究XC- MS和NMR(非靶向和靶向结合,无偏和有偏结合)的很少。

以分析化学和XC-MS为背景的代谢组学还是目前的主流。代谢组学应用场景还不丰富,数据共享机制和生态系统还没有建立。


共享意味着,共享是一种权利,可以共享也可以不共享;可以匿名化、去标识化后共享原始数据,也可以通过“同质最大数据集[性别、年龄、病因、扰动因素等主要特征相同的、同一种组学、同一种分布、不同时间点个体的集合]”描述统计学(集中趋势、离散程度和自由度)共享,还可以通过基于极大似然法的模型参数(如准确度、灵敏度、特异性、F1分数、曲线下面积、R^2、Q^2、信息熵)共享[最小二乘法适合共享吗?]。共享的效果在于共享后的模型参数不劣于共享前单个样本最优参数。立法规范财政科研项目负责人公开报告“同质最大数据集”描述统计学[这是一种义务和责任]。


生态系统意味着,具有多样性。适宜哪种方式,则采取哪种方式,也可以几种方式组合:小、大、全样本,单个、批量,低通量、高通量,靶向、非靶向、广泛靶向(同时符合靶向和非靶向的指认标准),低分辨率、高分辨率[1G NMR分辨率高适宜归属,但信号漂移严重不适合批量检测分析],无偏、有偏,(具有多重共线性)降维、不降维。血(尿)常规和生化数据本来就是代谢组学。生态系统具有稳健性和可扩展性。



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