VESTA 晶体结构矢量图栅格化

薛堪豪 2015-1-12 14:59

VESTA 可以导出矢量或者位图格式，但都略有不足。矢量格式文件太大，有诸多不必要的弧线。而 VESTA 导出的位图，缺点一是不够清晰，二是不易在矢量图软件中编辑。解决办法估计有很多，我目前采取如下措施： 1. 用 VESTA 导出 EPS 格式的矢量图，大小一般几十 MB。 2. 用 Adobe Illustrator 做需要的编辑，仍存为 EPS 格 ...

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Word 和 Latex 同时使用 Zotero 管理参考文献

热度 2 薛堪豪 2014-12-3 00:56

与他人合作论文难免遇到软件不统一的情况。一种可能性是：三人合作，其中两人喜欢用 Latex，但第三人只会用 Word。为了大家都可以修改，就只好迁就第三人，而使用 Word。还有一种可能性是：大家都愿意使用 Latex，但却看上了 Word 的修改功能。流程是：大家先用 Word 交换修改意见，最后投稿时再改写为 Latex。 为什么还 ...

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Siesta 计算载流子有效质量

薛堪豪 2014-11-28 17:58

Siesta 官方有计算半导体能带的范例。既然能带结构都算出来了，有效质量岂不一并得到？ 但事实没那么简单，因为能带图中，只要体现出不同方向倒空间长度的相对比值就可以了。比如，对于面心立方的硅，其倒格子 Gamma-L 的长度要是 Gamma-X 长度的 倍。相对正确就可以，不要求绝对的 K 值。 然而，计算有效质量需要绝对 ...

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"计算材料学" 与 "量子化学" 的鸿沟

热度 1 薛堪豪 2014-10-28 04:00

一个明显的事实是：现在有两种“计算”，而相应的科研人群也大体上分为两大类。一部分人做固体材料的计算，包括表面和催化在内，主要使用密度泛函理论（DFT）；而另一部分人做 的计算。在这两个群体中，无论是概念还是方法上都有一些差异。我对此很感兴趣，于是斗胆讨论一下，以期抛砖引玉。 首先，要注意到这两类计算存 ...

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Cygwin 上编译 Siesta

薛堪豪 2014-9-26 17:03

之前在 Ubuntu 下编译过 Siesta. 参看： Ubuntu 下并行编译 Siesta 。 最近在 Cygwin 环境下尝试编译 Siesta，笔记如下： 我在 Windows 7 64 bit 下安装 Cygwin 以后，都无法顺利编译 MPICH 或者 OpenMPI。解决办法是：安装 Cygwin 的时候就选择安装 OpenMPI，也就是凡搜索到符合 openmpi 字样的都选择安装。其他必须要 ...

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Gromacs 结果分析

热度 1 薛堪豪 2014-9-25 22:49

刚开始学 Gromacs 还不会分析结果。 (1) 从轨迹中提取某一帧 trjconv -f md.xtc -s md.tpr -sep -b 30000 -e 30000 -o x.pdb 这项命令的好处是：可以只提取出某一类分子在 30000 时刻的位形，输出到 x.pdb。在运行该命令的时候系统会让你选择输出哪种分子。 以后不断更新 ...

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Cygwin 上 config.guess 无法工作的解决办法

薛堪豪 2014-9-25 04:39

最近用了一下 Cygwin 发现一些软件不能安装，原因是 ./configure 的时候无法通过 config.guess。 在网上搜索了一下，发现是软件包自带的 config.guess 过老造成的。下载新版本： config.guess http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.guess;hb=HEAD config.sub http://gi ...

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Gromacs 4.6.7 编译

薛堪豪 2014-9-15 01:24

1. 安装最新版本的 CMake 到 http://www.cmake.org/ 下载 3.0.2 版本 解压之后 sudo ./bootstrap sudo make sudo make install 2. 利用 Intel MKL 安装 Gromacs 下载 Gromacs 4.6.7 解压之后 mkdir build cd build cmake .. -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl -DCMAKE_C_COMPILER=/opt/openmpi/bin/mpicc -DCMAKE_CX ...

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DL_Poly Classic 编译笔记

薛堪豪 2014-8-28 22:23

到 http://ccpforge.cse.rl.ac.uk/gf/project/dl_poly_classic/frs/ 下载最新的 DL_Poly Classic cp build/MakePAR source/Makefile cd source 编辑 Makefile 注意以下部分 CC = /bin/mpicc FC= /bin/mpif90 gfortran: $(MAKE) FC= /bin/mpif90 LD= ...

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