Gromacs 有机溶剂模拟 学习笔记（一）

薛堪豪 2014-7-3 02:06

初学 Gromacs，觉得其手册非常难懂，幸好有同学帮忙。感谢 Deng Yue 和 Matias 的帮助。 Gromacs 的设计理念应该是为了方便生物大分子的模拟，而我则需要用它来模拟有机溶剂。 第一次运行的操作笔记 目的：建立两种有机溶剂的混合溶液，这里以 DMSO 和 DME 为例 操作方法： Step 1: 先 ...

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三线共点, 线面夹角公式

薛堪豪 2014-3-30 21:31

设三斜晶系的基矢为 , , 三个夹角为 , , . 其中是 是 和 的夹角, 其余以此类推. 则 与 , 张成的平面的夹角为 此公式对于求解三斜和单斜晶系有用.

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Zotero 自定义文献格式

薛堪豪 2014-2-18 19:13

Zotero 对于写论文而言真是个好东西，它不仅支持鼠标一次点击就可以从网页上下载全部文献的信息，而且还是免费的！我目前使用的体会是：Zotero 在数据层非常出色，但是在表现层还不够完善。如果用网页的语言，Zotero 这样的软件其实是用 XML 数据转换 XSLT，而其 XSLT 部分还不尽完善。官方提供各种杂志的引文格式下载： ...

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[晶体结构系列科普之三] 十四种布拉菲格子释疑 (一)

热度 1 薛堪豪 2013-3-21 01:29

布拉菲格子是反映晶体平移对称性的一种抽象的点阵, 它不应当与具体的晶体结构相混淆. 比如: 金刚石结构的布拉菲格子是面心立方, 但它本身并不是面心立方结构. 再比如说钛酸铋 (Bi 4 Ti 3 O 12 ) 在常温下的结构 (空间群 B 1 a 1), 其布拉菲格子属于简单单斜 (也有人认为属于正交晶系, 但光学实验证明其属于单斜 ...

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[晶体结构系列科普之二] 面心立方与密排六方有何区别?

热度 2 薛堪豪 2013-3-13 23:56

做材料实验的人都知道, 溅射 (或物理气相淀积, PVD) 方法生长的金属 Pt 沿着 晶向生长. 即便刚溅好的片子晶化不是很明显, 但一经退火以后, 做 X 射线衍射就出现强烈的 峰. 偶尔有些 的峰, 会被认为电极长得不完美. 为什么 Pt 电极容易沿着 方向生长呢? 还需要从密堆积谈起. 大家都知道, 从几何上讲, 同等大小 ...

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[晶体结构系列科普之一] 理解金刚石结构与闪锌矿结构

热度 2 薛堪豪 2013-3-12 23:56

固体 (特别是晶体) 的物理, 化学, 和电学特性常常与其内在的结构有极大的关系. 晶体排列成有序的点阵这一特点是固体物理学的根基, 固体结构也是各种固体物理教材的第一章. 遗憾的是, 固体物理的重点是能带论, 学生期末考试的重点在于能带图. 一般初学过固体物理以后, 容易以为在倒空间 (K 空间) 里工作才是固体物理的鲜明 ...

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Hartree 和 Koopmans 的一些小故事

热度 1 薛堪豪 2011-10-14 19:15

学习量子化学一般从 Hartree-Fock 自洽场方法开始，也会讲一个 Koopmans 定理。苏联物理学家 Vladimir Fock 感觉是一直挺活跃的，首先他写了一部量子力学的教科书；其次他也独立推导出了 Klein-Gordon 方程，而且比这两位还早1年；再次全同粒子的巨希尔伯特空间以他的名字命名，广泛引用于二次量子化的手段中；最后他还培 ...

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学科的结构

薛堪豪 2010-12-24 03:45

附图表达了对学科结构和相互关系的一种观点 越在下面的学科越是基础 有点诧异，因为如果我喜欢基础学科，按说应该追溯到数学。但实则不然，我最喜欢物理，并非在端点上的学科。 上面的学科往往跟日常生活联系更紧密一些。 经济学很大程度上依赖于心理学假定：比如人是自私的，基数或者序数效用论，风险 ...

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[科普]经典物理的基本规律

薛堪豪 2010-11-18 09:51

物理学博大精深，用处广泛。最美的部分莫过于那些作为精华的方程，定理或定律。 定律是从实验中得出的规律，例如热力学第二定律。 定理是通过逻辑和数学推导出的公式，例如量子力学中的位力定理，Hellmann-Feynman 定理等等。 与数学不同，物理学不谈公理。如果非要说一条公理，我倾 ...

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