薛堪豪的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/bfax 兴趣:凝聚态物理,电化学

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Windows 下设置无扩展名文件的默认打开程序
2015-8-21 16:48
在 Windows 下处理 Linux 文本文件有几个头疼之处。其一是换行符不匹配,但可以通过安装第三方文本编辑软件,例如 Notepad++ 来轻松解决。另一个问题就是 Linux 文件没有扩展名,在 Windows 下双击无法直接打开,而必须从 Windows 提供的列表中选择打开的程序。无扩展名文件不能关联默认打开程序(“总是用这个程序打开” ...
个人分类: 计算机|5805 次阅读|没有评论
Cygwin 上编译 Siesta
2014-9-26 17:03
之前在 Ubuntu 下编译过 Siesta. 参看: Ubuntu 下并行编译 Siesta 。 最近在 Cygwin 环境下尝试编译 Siesta,笔记如下: 我在 Windows 7 64 bit 下安装 Cygwin 以后,都无法顺利编译 MPICH 或者 OpenMPI。解决办法是:安装 Cygwin 的时候就选择安装 OpenMPI,也就是凡搜索到符合 openmpi 字样的都选择安装。其他必须要 ...
个人分类: 计算机|4482 次阅读|没有评论
Gromacs 结果分析
热度 1 2014-9-25 22:49
刚开始学 Gromacs 还不会分析结果。 (1) 从轨迹中提取某一帧 trjconv -f md.xtc -s md.tpr -sep -b 30000 -e 30000 -o x.pdb 这项命令的好处是:可以只提取出某一类分子在 30000 时刻的位形,输出到 x.pdb。在运行该命令的时候系统会让你选择输出哪种分子。 以后不断更新 ...
个人分类: 计算机|4264 次阅读|2 个评论 热度 1
Cygwin 上 config.guess 无法工作的解决办法
2014-9-25 04:39
最近用了一下 Cygwin 发现一些软件不能安装,原因是 ./configure 的时候无法通过 config.guess。 在网上搜索了一下,发现是软件包自带的 config.guess 过老造成的。下载新版本: config.guess http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.guess;hb=HEAD config.sub http://gi ...
个人分类: 计算机|3562 次阅读|没有评论
Gromacs 4.6.7 编译
2014-9-15 01:24
1. 安装最新版本的 CMake 到 http://www.cmake.org/ 下载 3.0.2 版本 解压之后 sudo ./bootstrap sudo make sudo make install 2. 利用 Intel MKL 安装 Gromacs 下载 Gromacs 4.6.7 解压之后 mkdir build cd build cmake .. -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl -DCMAKE_C_COMPILER=/opt/openmpi/bin/mpicc -DCMAKE_CX ...
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VASP 与 Siesta 晶体结构格式互换
2014-6-28 00:58
如果手动进行 VASP 与 Siesta 之间的坐标转换,面临两个较麻烦的手续: (1)VASP 的 POSCAR 中,每个原子坐标后面一般没有元素的标识(1,2 ...) (2)Siesta 的 fdf 文件中,各个原子未必是按照元素次序排列的。并且还需要统计各个元素分别有多少个原子。 为了提高效率,我就写两个 Python 小程序以便在 Linux 下进 ...
个人分类: 计算机|3796 次阅读|没有评论

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