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Gromacs 有机溶剂模拟 学习笔记(一)
薛堪豪 2014-7-3 02:06
初学 Gromacs,觉得其手册非常难懂,幸好有同学帮忙。感谢 Deng Yue 和 Matias 的帮助。 Gromacs 的设计理念应该是为了方便生物大分子的模拟,而我则需要用它来模拟有机溶剂。 第一次运行的操作笔记 目的:建立两种有机溶剂的混合溶液,这里以 DMSO 和 DME 为例 操作方法: Step 1: 先 ...
个人分类: 物理|6660 次阅读|没有评论
VASP 与 Siesta 晶体结构格式互换
薛堪豪 2014-6-28 00:58
如果手动进行 VASP 与 Siesta 之间的坐标转换,面临两个较麻烦的手续: (1)VASP 的 POSCAR 中,每个原子坐标后面一般没有元素的标识(1,2 ...) (2)Siesta 的 fdf 文件中,各个原子未必是按照元素次序排列的。并且还需要统计各个元素分别有多少个原子。 为了提高效率,我就写两个 Python 小程序以便在 Linux 下进 ...
个人分类: 计算机|3797 次阅读|没有评论
三线共点, 线面夹角公式
薛堪豪 2014-3-30 21:31
设三斜晶系的基矢为 , , 三个夹角为 , , . 其中是 是 和 的夹角, 其余以此类推. 则 与 , 张成的平面的夹角为 此公式对于求解三斜和单斜晶系有用.
个人分类: 物理|4370 次阅读|没有评论
ASP.NET 4.0 版本一个务实的改进
薛堪豪 2014-2-20 04:51
ASP.NET 2.0 版本开始支持母版(MasterPage),这个对网站全站设计带来很大方便,也是顺理成章的一个新功能。 然而使用 MasterPage 有一点让人不爽:文本框等表单控件的 id 和 name 属性在前台 HTML 中会被 ASP.NET 加上很多“垃圾内容”。比如最简单的一个例子-要求输入用户名的文本框 asp:TextBox ID=us ...
个人分类: 计算机|2376 次阅读|没有评论
Zotero 自定义文献格式
薛堪豪 2014-2-18 19:13
Zotero 对于写论文而言真是个好东西,它不仅支持鼠标一次点击就可以从网页上下载全部文献的信息,而且还是免费的!我目前使用的体会是:Zotero 在数据层非常出色,但是在表现层还不够完善。如果用网页的语言,Zotero 这样的软件其实是用 XML 数据转换 XSLT,而其 XSLT 部分还不尽完善。官方提供各种杂志的引文格式下载: ...
个人分类: 物理|18417 次阅读|没有评论
Siesta计算禁带宽度
薛堪豪 2013-12-11 00:32
Siesta 把能量本征值存储在 *.EIG 文件中,但这个文件本身不太适合各种数据处理软件读取。 Siesta 将“费米能级”写在 *.EIG 文件的第一行。但对于半导体和绝缘体,这个“费米能级”是按照禁带中心取的,并非像 VASP 一样取在价带顶。 正确地计算半导体和绝缘体的禁带宽度,需要在输入文件中设置一些特殊的K点(高 ...
个人分类: 学习心得|4841 次阅读|没有评论
[晶体结构系列科普之三] 十四种布拉菲格子释疑 (一)
热度 1 薛堪豪 2013-3-21 01:29
布拉菲格子是反映晶体平移对称性的一种抽象的点阵, 它不应当与具体的晶体结构相混淆. 比如: 金刚石结构的布拉菲格子是面心立方, 但它本身并不是面心立方结构. 再比如说钛酸铋 (Bi 4 Ti 3 O 12 ) 在常温下的结构 (空间群 B 1 a 1), 其布拉菲格子属于简单单斜 (也有人认为属于正交晶系, 但光学实验证明其属于单斜 ...
个人分类: 物理|30698 次阅读|2 个评论 热度 1
[晶体结构系列科普之二] 面心立方与密排六方有何区别?
热度 2 薛堪豪 2013-3-13 23:56
[晶体结构系列科普之二] 面心立方与密排六方有何区别?
做材料实验的人都知道, 溅射 (或物理气相淀积, PVD) 方法生长的金属 Pt 沿着 晶向生长. 即便刚溅好的片子晶化不是很明显, 但一经退火以后, 做 X 射线衍射就出现强烈的 峰. 偶尔有些 的峰, 会被认为电极长得不完美. 为什么 Pt 电极容易沿着 方向生长呢? 还需要从密堆积谈起. 大家都知道, 从几何上讲, 同等大小 ...
个人分类: 物理|40694 次阅读|3 个评论 热度 2

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