博文
- MOE Pharmacophore Search
- 药效团 （pharmacophore） 药物分子与受体靶点发生作用时，要与靶点产生几何匹配和能量匹配的活性构象。药物化学家发现，药物分子中的基团对于活性的影响不同，有些基团的变化对药物与靶点之间的相互作用影响很大，有些则影响不大。对于这种差异的研究，人们发现具有相同活性的分子往往具有 ...
- 你的模型可靠吗？---明明白白我的模型 Molprobity
- 之前发表两篇同源建模的帖子，这里和大家一起分享模型检测的方法，Molprobity。Molprobity是个在线模型分析工具，地址为： http://molprobity.biochem.duke.edu/index.php 几乎所有的蛋白结构在发表之前都会经过这个工具检测，目前成为结构生物学中一个比较全面的蛋白结构检测工具。 步 ...
- 模型的侧链优化策略
- 以前对这个问题比较困惑，现在我的观点是（针对docking）： 1. 如果要做对接的蛋白是来自已经发表的PDB 尤其是分辨率比较好的PDB文件，没有必要做什么侧链优化。一般X－ray的结构就是它蛋白的真实结构，特别是对分辨率比较好的PDB文件。如果要优化，能优化出什么来呢？难道比真实结构更真实？who believe. 而且：如果对 ...
- PDB文件详解
- PDB格式文件对大部分做模拟和计算的人来说都很熟悉，但其中各个参数的意义很多人并不是很了解。从网上搜集了一些文章，结合自己的知识来对PDB文件中各个参数的意义做个解释： REMARK 该记录用来记述结构优化的方法和相关统计数据。如用Refmac进行结构优化,该记录将自动插入输出的PDB。 CRYST1 (NMR除外) 该记录 ...
- Modeling 中的“氢”，你注意了吗？
- 在建模或者docking过程中，氢原子特别是非极性的氢原子往往不被大家所考虑，因为很多人认为蛋白的骨架确定了，这些氢的位置也就确定了，没必要去考虑。以前我也这么想，没有太多地去管它。但最近处理最近的课题的时候，让我改变了这个看法。 由于建模后的模型要用来做分子对接，所以对活性位点口袋残基测链 ...
- 推荐一个非常专业的PDB分子显示软件：Chimera
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- 大家对于PDB等格式的分子显示都习惯用Pymol，因为pymol比较简单，容易上手。呵呵，符合现代人懒惰的思想。虽然这样懒惰的操作也可以绘制出不错的图片，但看了chimera的作图效果后，一定会让不少人感到惭愧。 以下内容来自Chimera官方网站： http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ Chimera当前最新版本是1.4,支持的平台 ...
- Docking软件大比拼
- 热度 2
- 最近一直忙于一些软件的docking测试工具，目的是想了解下到底这些形形色色的对接软件效果如果。当然测试的结构大部分都是和自己课题相关的，基本上都是基于糖作为底物的对接测试，结果以与晶体结构的RMSD来作为衡量标准。先一起回顾下这些docking软件的基本小常识 Glide is a fast and accurate docking program tha ...
- RMSD小常识
- 昨天，和朋友一起讨论同源建模的问题。他告诉我说，建模的结果于模板之间的RMSD是0.347....当时就觉得有点奇怪，他是怎么计算这个数值的。所以这里一起讨论下RMSD 先看看RMSD的计算公式（转自http://en.wikipedia.org/wiki/Root_mean_square_deviation_(bioinformatics)） RMSD(RootMeanSquaredDeviat ...
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同源建模的优化问题
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- 貌似很多人都对同源建模的优化感到困惑，我也一样。今天上午跟老板一起讨论下这个问题（因为读博刚进实验室没多久，所以经验不一定很多，所以这里只是和大家一起分享下我们实验室的经验），感觉收获很多。 一般在同源建模的时候，初始的模型是非常重要的，这里大家最常用的工具是modeller或者DS。其中modeller大部分人 ...
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