科学网

 找回密码
  注册
分子动力学攻略(ZZ)
袁曙光 2009-12-4 04:19
动力学系列之一(gromacs) ###################################################### # Process protein files step by step # ###################################################### pdb2gmx -f 2th_cap.pdb -o 2th_cap.gro -p 2th_cap.top -ignh -ter nedit 2th_cap.top editconf -f 2th_cap.gro -o 2th_cap_bo ...
个人分类: 好文转载|14031 次阅读|2 个评论
同源建模的可靠性
热度 1 袁曙光 2009-12-4 03:40
最近一直在做同源建模,基本上都是在modeller中完成。但我发现不论怎么建模,或者采用何种工具或者方法,都会有很多的和合理性。比如:键长不合理,残基过近接触,氢键的长度不合理,二面角不合理...... 一方面在modeller自己产生模型的时候,可以让它自己作一些MD(自己实践证明,并非MD做得越多越好,采用slow_large作M ...
个人分类: 科研笔记|8614 次阅读|2 个评论 热度 1

本页有 1 篇博文因作者的隐私设置或未通过审核而隐藏

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-3-29 15:06

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部