Energy minization in MOE

袁曙光 2010-3-29 17:28

From MOE Manual The Energy Minimize application in MOE calculates atomic coordinates that are local minima of a molecular energy function. Energy minimization is useful for molecule building, determining low energy conformations, conformational search and preparation for molecul ...

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药物设计流程图

袁曙光 2010-3-22 00:58

前段时间集中听了几场药物设计的报告，把药物设计的一个大概流程整理了一下，制作成流程图梳理如下

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MOE Pharmacophore Search

袁曙光 2010-3-9 04:59

药效团 （pharmacophore） 药物分子与受体靶点发生作用时，要与靶点产生几何匹配和能量匹配的活性构象。药物化学家发现，药物分子中的基团对于活性的影响不同，有些基团的变化对药物与靶点之间的相互作用影响很大，有些则影响不大。对于这种差异的研究，人们发现具有相同活性的分子往往具有 ...

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你的模型可靠吗？---明明白白我的模型 Molprobity

袁曙光 2010-3-2 05:06

之前发表两篇同源建模的帖子，这里和大家一起分享模型检测的方法，Molprobity。Molprobity是个在线模型分析工具，地址为： http://molprobity.biochem.duke.edu/index.php 几乎所有的蛋白结构在发表之前都会经过这个工具检测，目前成为结构生物学中一个比较全面的蛋白结构检测工具。 步 ...

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SSH and SCP

袁曙光 2010-1-7 22:16

ssh scp 用法 对于没有开通FTP服务器的机器，scp结合ssh对于我们远程工作非常方便。 ssh远程登录： ssh root@192.168.1.101 如果想支持图形界面，命令则为： ssh -X root@192.168.1.101 输入用户名密码后， 再新开一个shell脚本 用于查看远程机器的目录以及文件 然后scp拷贝文件： scp root@ ...

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Schrodinger 功能模块简介 zz

袁曙光 2010-1-7 15:57

http://www.schrodinger.com Schrdinger（薛定谔）是药物发现的完整软件包，包括：基于受体和配体结构的诱导契合和柔性对接模式；基于受体结构及配体极性的对接模式；基于受体结构及溶液环境性质的对接模式；组合化学库设计及基于组合库的对接模式；基于配体结构的药物设计，药效团和3D-QSAR；生物分子结构模拟 ...

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模拟平台，你选哪个？

袁曙光 2010-1-6 03:10

良好的平台，对于做计算而言是不可或缺的条件。所谓良好主要有两方面：一是稳定；二是能很好地支持当前的主流计算软件。目前，几乎所有的模拟软件支持平台最全面的还属Linux，其次是苹果和Unix但相比之下没有Linux全面。而对于专门做计算的专业人员来讲，一般是不大会考虑 ...

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Protein-Protein Docking Summary and Tools

热度 1 袁曙光 2010-1-1 17:09

Wiki about Protein Docking Macromolecular docking From Wikipedia, the free encyclopedia Jump to: navigation , search Macromolecular docking is the computational modelling of the quaternary structure of complexes formed by two or more interac ...

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Linux常用命令一览

袁曙光 2009-12-26 02:02

su 　　su命令是最基本的命令之一，常用于不同用户间切换。例如，如果登录为 user1，要切换为user2，只要用如下命令： 　　$su user2 　　然后系统提示输入user2口令，输入正确的口令之后就可以切换到user2。完成之后就可以用exit命令返回到user1。 　　su命令的常见用法是变成根用户或超级用户。如果发出不带用户名 ...

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