全基因组测序将成为细菌分类必须做的一项指征

陈文峰 2014-5-20 11:27

2014年3月份的 Antonie Van Leeuwenhoek杂志上，Vandamme和Peeters联合撰文，提议以后的细菌多相分类中，特别是新种的鉴定与发表中，必须增加全基因组信息，以及采用快速高效的表型鉴定系统对细菌必需特征进行测定。而最近我投到SAM(Syst. Appl. Microbiol.)的一篇新种论文，编辑也以没有模式菌株的基因组信息（the genom ...

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用R语言统计一下LPSN网站上的各属内的物种数

陈文峰 2014-4-20 22:19

#使用R语言，可以将LPSN网站（ http://www.bacterio.net ）上的感兴趣的细菌的属下的物种数统计出来并做图： library(stringr) #统计中华根瘤菌属( Sinorhizobium ) SinorhizobiumPage - readLines(http://www.bacterio.net/sinorhizobium.html) grep('Numbe ...

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根瘤菌类群的一个新属：Neorhizobium gen. nov.

陈文峰 2014-4-16 16:17

芬兰的Mousavi等人新近提出了一新的属， Neorhizobium gen. nov.，它是将之前发表的几个新种合并到一起，并提出新的属，属名命名为新根瘤菌属( Neorhizobium )。详见这里： http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0723202014000204 Abstract The genera Agrobacterium , Allorhizobium , and Rhiz ...

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根瘤菌与豆科植物之间的“互接种族”

热度 1 陈文峰 2014-3-20 15:16

传统的根瘤菌分类是建立在以宿主植物为中心的“互接种族”关系基础上的，属于不同互接种族的豆科植物则不能利用其根瘤菌相互接种、结瘤与固氮。常见的互接种族关系如下： (l)苜蓿族:包括苜蓿( Medicago )、草木樨( Melitotus )和葫芦巴( Trigonella )三属的植物。 (2)三叶草族:只有三叶草( Trifolium )一个属。 (3)豌豆族 ...

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一些豆科植物染色体的倍数及基因组信息

陈文峰 2014-2-11 16:44

关于一些豆科植物染色体的倍数及基因组的信息 摘录自： 《中国主要经济植物基因组染色体图谱》的第五册，收录了作者对我国123科403属563种药用植物染色体研究的资料。 包括染色体数目、倍性、核型分析的基本数据。这些染色体基础科学数据不仅对药用植物的杂交育种、细胞分类、种性鉴定、起源进化研 ...

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根瘤菌-豆科植物关系“七字决”

陈文峰 2013-8-13 13:06

研究根瘤菌与豆科植物关系时，一定要考虑七个要素，即“ 水、气、土、豆、菌、光、温”。这里的土包括了土壤中的营养、肥力、微量元素等。在农业生产上也应注意这七个要素，否则根瘤菌与豆科植物则达不到绝好的共生状态。 水是一切生命的根本。但水必须适量才行。过多过少都不好。

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