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LPSN网站上根瘤菌相关属内物种数目的统计(截止到2021年12月1日)

已有 1055 次阅读 2021-12-1 17:22 |个人分类:根瘤菌分类|系统分类:科研笔记

2014年学习R语言的时候,曾做过统计LPSN网站上的根瘤菌相关属的物种统计工作,到2021年,根瘤菌领域已增加了两个新属:NeorhizobiumPararhizobium;将Sinorhizobium内的种,计为0了,但Sinorhizobium仍然有许多人在使用,故而将它的原有物种数依然统计在内。

今天重新统计一下各个属内的物种数目情况,并做图:


根瘤菌相关属内物种统计图Rplot.jpeg

生成的图,不知道为什么属名不在一条线上?


当时学R语言时,还是用比较笨拙的手法,写的代码也不好看,不简洁,但容易理解(参见这里,科学网—用R语言统计一下LPSN网站上的各属内的物种数 - 陈文峰的博文 (sciencenet.cn))。今天重新运行了一下之前的代码,发现不能用了,仔细看了一下,是网站细节改了,正则表达式也修改了,因此,重新写一下,如下。


代码复杂了些,重复的地方可以使用循环,以简化代码,但懒得去做了。


library(stringr)


#统计中华根瘤菌属(Sinorhizobium)

SinorhizobiumPage  <- readLines("http://www.bacterio.net/sinorhizobium.html")

line_num_Ensifer <- grep('Total number of child taxa:', SinorhizobiumPage)

pat1 <- "([0-9]+)"

(SinorhizobiumSpNum <- as.numeric(str_extract(SinorhizobiumPage[line_num_Ensifer], pat1)))

#统计剑菌属(Ensifer)

EnsiferPage <- readLines("https://www.bacterio.net/genus/ensifer")

line_num_Ensifer = grep('Number of child taxa with a validly published and correct name: ', EnsiferPage) #获得是的所在行

line_num_Ensifer

pat2 <- "([0-9]+)"

EnsiferSpNum <- as.numeric(str_extract(EnsiferPage[line_num], pat2))


#统计根瘤菌属(Rhizobium)

RhizobiumPage <- readLines("http://www.bacterio.net/rhizobium.html")

line_num_Rhizobium <- grep('Number of child taxa with a validly published and correct name: ', RhizobiumPage)

pat3 <- "([0-9]+)"

(RhizobiumSpNum <- as.numeric(str_extract(RhizobiumPage[line_num_Rhizobium], pat3)))


#统计慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)

BradyrhizobiumPage <- readLines("http://www.bacterio.net/bradyrhizobium.html")

(line_num_Bradyrhizobium <- grep('Number of child taxa with a validly published and correct name: ', BradyrhizobiumPage))

pat4 <- "([0-9]+)"

(BradyrhizobiumSpNum <- as.numeric(str_extract(BradyrhizobiumPage[line_num_Bradyrhizobium], pat4)))



#统计副根瘤菌属(Pararhizobium)

PararhizobiumPage <- readLines("https://www.bacterio.net/genus/pararhizobium")

(line_num_Pararhizobium <- grep('Number of child taxa with a validly published and correct name: ', PararhizobiumPage))

pat5 <- "([0-9]+)"

(PararhizobiumSpNum <- as.numeric(str_extract(PararhizobiumPage[line_num_Pararhizobium], pat5)))


#统计新根瘤菌属(Neorhizobium)

NeorhizobiumPage <- readLines("https://www.bacterio.net/genus/neorhizobium")

(line_num_Neorhizobium <- grep('Number of child taxa with a validly published and correct name: ', NeorhizobiumPage))

pat6 <- "([0-9]+)"

(NeorhizobiumSpNum <- as.numeric(str_extract(NeorhizobiumPage[line_num_Neorhizobium], pat6)))



rhizobiaNumbers <- data.frame(S=SinorhizobiumSpNum, E=EnsiferSpNum, R=RhizobiumSpNum,

                              B=BradyrhizobiumSpNum, P = PararhizobiumSpNum,

                              N = NeorhizobiumSpNum)


sino <- expression(italic(Sinorhizobium))

ensi <- expression(italic(Ensifer))

rhi <- expression(italic(Rhizobium))

brady <- expression(italic(Bradyrhizobium))

para <- expression(italic(Pararhizobium))

neo <- expression(italic(Neorhizobium))


t.rhizobia <- t(rhizobiaNumbers)

t1.rhizobia <- as.data.frame(t.rhizobia)

par(cex = 0.8)

barp <- barplot(t1.rhizobia$V1, names.arg=c(sino, ensi, rhi, brady, para, neo),

                xlab="属", ylab="种数", col=rainbow(6),

                main="各属内根瘤菌的种数(截至到2021年12月1日)",

                ylim=c(0, 100))

abline(h=0)







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