Maxima练习一则

党晓栋 2010-12-4 02:59

大雪封门好几天，趁机练习了一下数学计算。 像dx1/dt=f(x1,x2); dx2/dt=g(x1,x2)这种形式的模型，原来只需要Maxima里面的plotdf函数就可以将其图像化了。 以下是我这两天的演算成果，测试的是Huang et al (2007, doi:10.1016/j.ydbio.2007.02.036) 的模型。全部演算过程请见本人 英文博客 。今后掌握了这个小工具，以前提 ...

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厨房里的叉子

党晓栋 2010-11-21 20:32

M同学在研究厨房里的叉子。 “你看，这些叉子既有三齿的，又有塑料的。我想看看它们各自所占的比重到底有多大。” “不对吧。你这种分类方法有问题。按照齿的数量，你可以把叉子分为三齿、四齿，或许还有二齿、五齿的，这是一种分类。另外一个分类标准是材料质地，这样你就可以把它们分为塑料的、金属的、玻璃的，以及什 ...

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都是随机惹的祸

党晓栋 2010-11-18 22:53

随机：stochasticity，并非全然的 randomness，是可能表现一定规律的。 基因突变属于随机因素。我们能够知道什么条件下能够改变突变的速率，却无法准确预测突变会发生在哪里，朝着什么方向。除非人工做 ad hoc 的定点诱导，而这仍然受限于我们已知的知识。 群体遗传的中性理论强调随机过程的作用，它离不开两点要素： ...

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An introduction to the 'attractor' theory of gene regulatory networks

党晓栋 2010-11-11 19:14

本文仍然转自本人 Blog on Researchgate 。本来说在有进展之前只写短文，不料还是写长了。不过这也算是阅读与思考的进展吧～ 在我眼中，HUANG Sui老师的研究属于非常前沿，既富于理论性，属基础研究，又离应用前景不远，很符合我的理想。其实本站博主周旭老师在 一年多之前 就已经介绍过这项研究，我只是继续跟进关 ...

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惊遇 Maxima

热度 1 党晓栋 2010-11-11 01:51

被R和Scilab搞得一头雾水之后，发现了这款软件。多谢科学网上的老师介绍，我才知道数学软件还分数值计算和符号计算两个类型。还是符号计算软件更加适合我这种初学者。(经师兄提醒，跟初学不初学没关系。看来是跟个人思考方式有关。本人脑子长得就适合用符号计算软件。) 深切感谢Bill Schelter教授从1982年到1998年为了使这 ...

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子曰——二十年之教师语录

党晓栋 2010-9-10 22:12

最近差点把教师节忘了。幸亏科学网上的朋友们纷纷作文以纪之，顺便也提醒了我。从小到大这么多老师，要向他们一一致敬，似乎没有什么好办法。就在此凭记忆摘录一些他们说过的话吧。或对或错，或者有所教益，或者有待商榷，都已经是过眼云烟，但还值得回味和怀念。个人姓名全都隐掉，以免对他们造成不必要的困扰。 小学篇 ...

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5.22 生物多样性日

党晓栋 2010-5-22 00:15

到植物园跟副导师见面，突然得知明天是这么一个日子，某个盛大的学术会议就正在这里召开。虽然我眼下就是吃这碗饭的，对于自己连这个日子都不知道，我是一点都不惭愧。近年来对于生物多样性这个词已经审美疲劳，感到厌倦了。 其实对于大众来说，提起生物多样性，言而总之只有两句话。第一句： 生物多 ...

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进化稳定策略（下）

党晓栋 2010-5-2 06:57

上次以根系生长的冗余为例，介绍了一下进化稳定策略是个什么东西。细想之下忘了说一点： ESS 是一套理论框架，它并不保证你在一个种群内一定能找到一个最稳定的策略。拿鹰鸽对策来说，在不同的设定条件下，最稳定的策略可能是鹰，可能是鸽，也可能是鹰鸽交错，也可能根本就没有一个最稳定策略。这并不妨碍 ...

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进化稳定策略 （上）

热度 1 党晓栋 2010-3-28 06:54

说起进化稳定策略（ESS）这个东西，虽然这不是自己的博士研究方向，但毕竟是自己的学术兴趣。当年上大三的时候，在对生物学这个学科重重失望之余，接触到了这个概念。鹰鸽对策、囚徒困境等生动的模型让我大开眼界，它们在生态学与进化生物学中的应用之广泛也让我看到了继续深造下去的希望。 ...

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