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备份 Boolean dynamics of networks with scale-free topology
党晓栋 2012-5-24 18:26
7个月之前的博文。另有 中文的详细版,发于本站 。 从ResearchGate 搬过来备份的就这5篇了。另外还有几篇次要的,都没有什么保留价值,就算了,仅当曾经练过笔。 Notes on Aldana's 'Boolean dynamics of networks with scale-free topology' After having learned about Kauffman's attractors and then the va ...
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备份 miRNA读书笔记(2)
热度 1 党晓栋 2012-5-24 18:15
大约一年前所作的 miRNA 读书笔记( 2 ) Notes on miRNAs 2 Time does not allow me to write too much on the topic at this moment, but I would like to record what I am thinking about. 1. It would be imprudent to say anything before we understand how different miRNAs a ...
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备份 A conception of cancer from a stem-cell viewpoint
党晓栋 2012-5-24 17:55
一年零四个月之前的博文。这篇更坑爹。主要的精华就是我做的图片,结果被弄丢了。我竟然找不到自己保存的备份…… 只能哭。 A conception of cancer from a stem-cell viewpoint More and more tips of the iceberg are emerging from some recent reports. But they are nothing su ...
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备份 细胞分化与细胞增殖之间是否是相互协调的?
党晓栋 2012-5-24 17:53
这是大概一年零两个月之前的某篇。网站上只精确到这个时间。里面的图片也不见了。我自己电脑上可能还有图片备份,抽空再加上。 Inherent coupling between cell differentiation and cycle arrest? Just finished reading a paper by Gibbs, Liebermann and Hoffman in 2007, "Termi ...
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备份 p32 p53 癌 Warburg effect 癌组织研究中的非线性思维
党晓栋 2012-5-24 17:48
坑爹的ResearchGate,把博客功能删了。趁着还能看到原来的博文,赶紧转过来做个备份。下面这一篇大概是两年前写的。具体时间也找不到了。还在愤怒中…… 本文起了个故弄玄虚的标题,却没多少吸引眼球的作用。主要就是讲两个蛋白质,p32 和 p53, 它们在癌细胞中的过量表达,对于氧化呼吸的恢复有相似的作用,但最终造成的 ...
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proximate cause 和 ultimate cause: 近因,远因,终极因?
党晓栋 2012-5-20 06:16
Proximate cause 和 ultimate cause,字面上可译为“近因”和“终极因”,最近带实验课的时候才接触到。其实当年自己也学过相关的概念,但没有记住这两个名词。 在生物学中谈到某个性状出现的原因时,“近因”一般指此时此刻环境、生理、生化等层次上的直接原因。例如问,亲鸟为什么给幼鸟喂食?这时可以回答:因为幼鸟张 ...
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A game between an individual and a population: rationale
热度 1 党晓栋 2012-2-15 19:30
这是本系列的第二篇 (首发于本人 英文博客 ),对上一篇提出的想法作了更细致一点的介绍,并引出后面的话题。下一篇才是最重要的,先在此预告一下~ 2012年4月23日追记:昆明动物所王瑞武老师基于榕小蜂的一系列研究,已经包含了这个思路。参见这两篇论文Wang et al. 2009 ( doi:10.1371/journal.pone.0007802 ), ...
个人分类: thoughts|4406 次阅读|2 个评论 热度 1
A game between an individual and a population: Introduction
热度 1 党晓栋 2012-2-6 03:27
前几天似乎想明白了点什么,仔细一想又不太明白。一些已经想通了的,先记在这里。后面的再继续想。(亦公布于本人 英文博客 。)其实跟先前的狼-羊博弈同属多层博弈,但不同之处在于这里存在‘结构’。例子估计很好懂。我觉得将博弈的任一方扩充为一个群体,并且考虑这一方存在的内部博弈,可能对细胞、生化层次的分子间博 ...
个人分类: thoughts|5143 次阅读|3 个评论 热度 1
随记 关于dynamical systems与细胞生物学
热度 2 党晓栋 2011-11-12 07:42
首先检讨一下:我最近一年来所感兴趣的话题,应该算是dynamical systems理论;它需要一些网络理论作为基础,但不能算是后者的一部分。关于Kauffman的NK网络模型与Wolfram的Automata在实质上是同一个东西,其实早就有人总结过了。之前一篇综述( Cershenson,2004 )就提到过,今年又有一篇论文( Kayama,2011 )将之公式 ...
个人分类: thoughts|5039 次阅读|3 个评论 热度 2
阅读笔记:无标度布尔网络的动态
热度 2 党晓栋 2011-10-31 00:46
刚刚读完 Maximino Aldana在2003年写的Boolean dynamics of networks with scale-free topology一文( DOI:10.1016/S0167-2789(03)00174-X )。之前学习到了Stuart Kauffman关于网络系统动态的attractor理论。后来又接触到Albert-László Barabási的无标度(scale free)网络的概念,并了解到这种网络拓扑的普遍性与很多 ...
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