科学网—dxd的博文

一点杂感

党晓栋 2012-11-14 11:18

本来不准备在这个博客上谈学术以外的事情，不过发现上面的“记录”所能记录的东西实在太少。有些人有本事，有见地，有他自己的成功之道，并且过着世人皆醉我独醒的日子。但是他们不懂得体谅别人的难处，不懂得并不是所有人都像他们自己一样。一个人可以清高，但不能要求别人都跟他一样清高。大家都还是要挣钱，吃饭， ...

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推荐阅读：关于Human Microbiome

党晓栋 2012-6-8 17:50

这期的Science 专门介绍了 Human Microbiome （或Human Microbiota，可以理解为人体微生物群）领域的最新进展。期刊自己的介绍见这里。我个人比较想读的是两篇综述，一篇是 Host-Gut Microbiota Metabolic Interactions ，另一篇是The Application of Ecological Theory Toward an Understanding of the ...

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阅读笔记：无标度布尔网络的动态

热度 2 党晓栋 2011-10-31 00:46

刚刚读完 Maximino Aldana在2003年写的Boolean dynamics of networks with scale-free topology一文（ DOI:10.1016/S0167-2789(03)00174-X ）。之前学习到了Stuart Kauffman关于网络系统动态的attractor理论。后来又接触到Albert-László Barabási的无标度（scale free）网络的概念，并了解到这种网络拓扑的普遍性与很多 ...

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随评：微小核糖核酸（microRNA）可通过食物进入人体

热度 4 党晓栋 2011-9-22 07:31

南京大学张辰宇教授的研究组最近发现，一种来源于水稻的microRNA（MIR168a），可以经由人的消化系统进入血液循环。它如果进入肝细胞，能够对某个蛋白质（LDLRAP1）的表达起到调控作用。论文发表在Cell Research上（ doi:10.1038/cr.2011.158 ）。科学网也对此作了报道（链接）。具有生物活性的大分子能够通过动物的消化 ...

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随记合成生物学01

热度 2 党晓栋 2011-9-8 05:43

看到科网上宣传的盖茨基金大挑战，有些感兴趣。进去浏览了一下有关合成生物学（synthetic biology）的信息，于是看到下面这一段。（来源http://www.synberc.org/content/articles/what-synthetic-biology） Third is the concept that natural living systems have evolved to continue to exist, rather than being opt ...

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让进化生物学帮忙：合成生物学实例一则

热度 2 党晓栋 2011-5-22 02:14

先分享一篇新闻报道。 Directed evolution gets a significant speed boost 里面介绍了哈佛大学以及 Howard Hughes 医学院 Davied Liu 研究组的一项最近成果（原始论文链接）。这里作个简要介绍，并且附上我的一点评论。合成生物学（synthetic biology）听起来是个新概念，但已有多年历史。这门学科近年常常与系 ...

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评注：Phylogeography之父John C. Avise访谈

热度 4 党晓栋 2011-4-10 21:36

刚刚看到黄晓磊老师发布的博文： Phylogeography之父John C. Avise访谈。找到英文原文，对感兴趣的部分作了一下对照阅读。我现在就是做phylogeography的，对这个领域也有很多自己的体会和看法，在此记录一下。本文结构也依循译文的顺序，不过从思路上来讲就很散了。第一部分： 1. “（an ironic fact that）虽然群体遗 ...

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转译：如果不理牛顿那一套

热度 2 党晓栋 2010-12-12 06:59

在普兰塔论坛闲逛的时候看到有网友推荐这篇奇文。转译过来供大家一乐。这篇冒牌论文是多年前几个生物学家用Nabi这个笔名合写的，意在讥讽当时某些生物学研究中盲目使用数学工具，并且动辄要囊括大规模数据的做法。前段时间有位师兄在这里问我，一门学科难道一定要数学化么？我回答说不是数学化，而是&ld ...

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厨房里的叉子

党晓栋 2010-11-21 20:32

M同学在研究厨房里的叉子。 “你看，这些叉子既有三齿的，又有塑料的。我想看看它们各自所占的比重到底有多大。” “不对吧。你这种分类方法有问题。按照齿的数量，你可以把叉子分为三齿、四齿，或许还有二齿、五齿的，这是一种分类。另外一个分类标准是材料质地，这样你就可以把它们分为塑料的、金属的、玻璃的，以及什 ...

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都是随机惹的祸

党晓栋 2010-11-18 22:53

随机：stochasticity，并非全然的 randomness，是可能表现一定规律的。基因突变属于随机因素。我们能够知道什么条件下能够改变突变的速率，却无法准确预测突变会发生在哪里，朝着什么方向。除非人工做 ad hoc 的定点诱导，而这仍然受限于我们已知的知识。群体遗传的中性理论强调随机过程的作用，它离不开两点要素： ...

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