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应用R语言,基于AIC、BIC、HQIC进行前向选择逐步回归笔记
杜昕 2024-1-8 21:29
目的:应用R语言逐步回归的常用方法包括MASS包中的 stepAIC函数及vegan包中的 ordistep函数等 (RDA分析 选择单一响应变量),其中stepAIC函数的选择标准为AIC(赤池信息准则)、ordistep函数的选择标准为决定系数 或解释变量显著度。BIC(贝叶斯信息准则)与HQIC( Hannan-Quinn信息准则 )也是重要的模型优度判 ...
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基于R语言,计算加权距离矩阵笔记。
杜昕 2024-1-6 22:52
基于R语言,计算加权距离矩阵笔记。 目的:由RDA分析提取的site constraints (linear combinations of constraining vari ables),即res$constraints代表多元多响应变量线性回归中解释变量(样地环境特征)的综合特征。其中,不同site坐标在RDA坐标系中的距离代表样地的环境差异。由于RDA分析中不同轴的 ...
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r语言,box核的概率密度函数估算
杜昕 2023-5-24 15:52
R语言中density函数中kernel参数所对应的核函数视乎都具有拖尾,一下为box核的概率密度估算代码。 density_box=function(entity,bandwidth) { if (missing(bandwidth)) { bandwidth=density(entity)$bw } min_x=min(entity) max_x=max(entity) x=seq(min_x, ...
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双变量莫兰指数Moran’S I的R代码,有待修正验证
杜昕 2023-3-25 17:00
# x: 自变量的观测值 # y: 因变量的观测值 # weight: 权重矩阵,表示观测点之间的空间关系 # scaled: 是否对观测值和权重进行标准化,默认为 FALSE # na.rm: 是否移除 x 和 y 中的缺失值,默认为 FALSE # alternative: 假设检验的备择假设类型,可选 two.sided, less, greater , bivar_Moran ...
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一种能够消除尺度累积效应的空间权重矩阵,及其基于莫兰指数(Moran‘S I)应用的初步想法
杜昕 2023-3-18 12:37
一、 尺度累积效应: 尺度累积效应的说法常在点格局研究中被提及。在此不进行描述,如理解 Ripley’s L函数和O-ring函数在点格局分析的区别即可理解 本 处所指的尺度累积效应。 二、点格局分析与增量空间自相关分析的区别,与尺度累积效应消除在增量空间自相关分析的意义: 1 点格局分析(此处主要指 Ripley’s L, ...
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Handbook of Broadleaf.Korean.pine.LAI——基于分层空间拓扑的叶面积指数空间分布模拟
杜昕 2023-2-27 22:02
Handbook of Broadleaf.Korean.pine.LAI 软件包简介 叶面积指数(LAI)指单位水平地面面积上总叶面积的一半,为植物冠层结构的最常用参数之一。我团队提出了一种基于分层泰森多边形估算复层林叶面积指数的方法,相较于传统基于公式的叶面积指数估计方法,该法可通过泰森多边形估算林分中各林木的树冠下叶面积指数,并 ...
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