整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律（8）

（Integrating full and partial genome sequences to decipher the global spread of canine rabies virus）

法国巴斯德研究所等机构的Holtz等今年7月在国际权威科学杂志《自然通讯（Nature Communications）》发表研究论文（见参考文献），利用狂犬病毒基因组的全部和部分序列来分析历史上的狂犬病毒在国家之间的传播，产生了精确的年代测定和对其地理分布的可靠估计。

现分若干次译介此文，供国内关心犬狂犬病流行和控制的各界人士参考。 

结果(6)

6.　欧洲对外殖民进程可能促进狂犬病毒的传播

（译者补充释疑：

　　很多文明古国如中国的历史典籍中都明确记载：当地从数千年前开始就一直有狂犬病流行。但对世界各地当前和近几百年来流行的犬和其他食肉动物中的狂犬病毒毒株的系统进化分析表明，这些病毒株共同的祖先只有几百年的历史，它们与蝙蝠狂犬病毒的共同祖先也只有一千多年的历史。

　　目前相关学术界一致认定：世界各国历史上更早出现的狂犬病毒全部都已自行灭绝，都早已终止了在世界各地的流行。而当前和数百年来在世界各国流行的狂犬病毒，都是在数百年前重新从蝙蝠传播到犬和其他食肉动物，然后再在世界各地重新传播开来。本文研究的就是近几百年来世界各地的狂犬病毒传播和演变的规律。）

我们首次通过重建对外隔离国家在殖民历史上其狂犬病毒（RABV）祖先演变的情景，揭示了历史上的殖民进程如何塑造了狂犬病在世界范围内的传播。最靠近进化树根部的主要节点是未确定的；然而，这些未确定节点的概率最高(35.9-38.5%)的殖民地正是大英帝国(图5)。这表明殖民进程可能在该RABV毒株的扩展中发挥了重要作用。

我们还发现，到1799年，法兰西帝国是Africa-2 （非洲-2）进化支的推断的祖先位置(边际概率为84.1%)(图5，“**”)，到1942年，是大多数SEA3（东南亚３）进化支推断的祖先位置(边际概率为99.8%)(图5，“*”)。此外，我们估计西班牙帝国是cosmopolitan clade (世界性分支）(图5，“***”)和随后在拉丁美洲的AM2a（美洲2a）亚分支（subclade）的祖先位置(边际概率为85.5%)。 

值得注意的是，墨西哥在本分析中被分组至西班牙帝国，在区域分析中被分组至北美。尽管这表明了殖民进程如何维持RABV在全世界的传播，但仍有许多变量和因素未被考虑在内，例如早期的全球贸易公司。

图5：16世纪至20世纪50年代殖民国家造就的RABV传播历史。 

经协调的进化树代表6096个序列，根据各节点上推断的不同殖民帝国着色(颜色代码在底部的图例中解释)。

树图外周的彩带代表历史上的帝国(内圈彩带)和地区分组(外圈彩带)。

重要节点显示：（*)99.8%，法兰西帝国- 1942年；　(**)84.1%，法兰西帝国-1799年；　(***)85.5%，西班牙帝国－1656年。

此可视化树是用“iTOL73 on a PastML-annotated tree”软件构建。

（未完待续）

参考文献：

Holtz, A., Baele, G., Bourhy, H. et al. Integrating full and partial genome sequences to decipher the global spread of canine rabies virus. Nat Commun 14, 4247 (2023). https://doi.org/10.1038/s41467-023-39847-x 

本博客相关文章：

整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律（1） 2023-11-18

整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律（2） 2023-11-20

整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律（3） 2023-11-23

整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律（4） 2023-11-25

整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律（5） 2023-11-27

整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律（6） 2023-11-28

整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律（7） 2023-11-30