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蝙蝠中的人兽共患病和病毒基因组的多样性（4）
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蝙蝠中的人兽共患病和病毒基因组的多样性（4）
前记：蝙蝠可能是多种人兽共患病的来源，但蝙蝠也是地球生态系统中不可或缺的重要组成部分，而且蝙蝠是目前处于濒危状态需要重点保护的物种。应正确认识新冠病毒、狂犬病毒和其他多种病毒与蝙蝠的关系，应在科学认识和有效控制病毒性传染病的同时，进一步加强对蝙蝠的保护。蝙蝠现在比以往任何时候都更需要我们的保护。
本文通讯作者Edward C Holmes 是国际著名进化生物学家和病毒学家，澳大利亚科学院院士，悉尼大学研究员和教授 ，也是上海复旦大学的荣誉客座教授。本文发表在本月最新出版的国际专业杂志《 Current Opinion in Virology（病毒学时论）》上。本博客将陆续摘要译介此文的内容。
本文的目录：
一）引言
二）蝙蝠的病毒基因组的多样性
三）与蝙蝠有关的值得注意的人兽共患病的暴发
1）冠状病毒科（Coronaviridae）
2）副粘病毒科（Paramyxoviridae）
3）弹状病毒科（Rhabdoviridae）
四）为什么蝙蝠能成为众多病毒的储存宿主?
五）蝙蝠病毒基因组的挑战
六）结论——蝙蝠的未来尚难以预测
三）与蝙蝠有关的值得注意的人兽共患病的暴发
1）冠状病毒科（i）
当前对蝙蝠作为新病毒宿主的兴趣始于2002/ 2003年SARS-CoV-1的爆发，最近有大量的研究项目记录到α 型冠状病毒（ alphacoronviruses）和β 型冠状病毒（betacoronaviruses）的多样性(图3)。初步研究表明,果子狸(Paguma larvata)可能是SARS-CoV-1的来源,此类病毒在人类群体中的出现与它们在中国南方的活动物市场中的存在有关。然而，随后在中国湖北和广西两省的蝙蝠中采集的样本提供的血清学证据表明，菊头蝠属（ Rhinolophus）蝙蝠，即马蹄蝠（horseshoe bats）感染了SARS样冠状病毒，粪便样本的PCR检测也证实了这一点。
图3. 蝙蝠冠状病毒的代表性系统发育多样性(最大似然系统发育树)
通过对冠状病毒科病毒RdRp（RNA依赖的RNA多聚酶）的氨基酸比对，利用IQ-TREE推断出最大似然系统发育树。系统发育用四个冠状病毒属的病毒进行估计，在系统发育树右边用彩色线（蓝、绿、橙、紫）标记。树以中点为根，自举（bootstrap）值用彩色的圆圈表示。蝙蝠病毒以红色字体显示，分别属于α 型冠状病毒属和β 型冠状病毒属。表示宿主物种的动物剪影显示在病毒名称中未列出宿主物种的病毒旁边。
因此，菊头蝠属（Rhinolophus）蝙蝠可能是SARS-CoV-1的储存宿主（reservoir ），随后传播给果子狸，可能还有貉，这两者的作用是作为引发人类感染的中间宿主。后来在中华菊头蝠(Rhinolophus sinicus)中发现了与SARS-CoV-1序列高度相似的SARS样冠状病毒。值得注意的是，一项来自中国多个地点的研究发现，在菊头蝠属（Rhinolophus）、伏翼属（Pipistrellus）、黄蝠属（Scotophilus）、鼠耳蝠属（Myotis）、扁颅蝠属（Tylonycteris）和长翼蝠属（Miniopterus）的6.5%的蝙蝠物种中，都可检测到冠状病毒保守的RNA依赖RNA聚合酶(RdRp)结构域，其中检测到RdRp且来自菊头蝠属蝙蝠的三种冠状病毒在最大似然系统发育树中，都与SARS样冠状病毒聚集在一起。
（未完待续）
参考文献：
Kate Van Brussel and Edward C Holmes，Zoonotic disease and virome diversity in bats，Current Opinion in Virology，Volume 52, February 2022, Pages 192-202，https://doi.org/10.1016/j.coviro.2021.12.008
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