蝙蝠中的人兽共患病和病毒基因组的多样性（2）

     前记：蝙蝠可能是多种人兽共患病的来源，但蝙蝠也是地球生态系统中不可或缺的重要组成部分，而且蝙蝠是目前处于濒危状态需要重点保护的物种。应正确认识新冠病毒、狂犬病毒和其他多种病毒与蝙蝠的关系，应在科学认识和有效控制病毒性传染病的同时，进一步加强对蝙蝠的保护。蝙蝠现在比以往任何时候都更需要我们的保护。

    本文通讯作者Edward C Holmes 是国际著名进化生物学家和病毒学家，澳大利亚科学院院士，悉尼大学研究员和教授 ，也是上海复旦大学的荣誉客座教授。本文发表在本月最新出版的国际专业杂志《 Current Opinion in Virology（病毒学时论）》上。本博客将陆续摘要译介此文的内容。

本文的目录：

一）引言

二）蝙蝠的病毒基因组的多样性

三）与蝙蝠有关的值得注意的人兽共患病的暴发

  1）冠状病毒科（Coronaviridae）

  2）副粘病毒科（Paramyxoviridae ）

  3）弹状病毒科（Rhabdoviridae）

四）为什么蝙蝠能成为众多病毒的储存宿主?

五）蝙蝠病毒基因组的挑战

六）结论——蝙蝠的未来尚难以预测

 二）蝙蝠的病毒基因组的多样性（Virome diversity in bats）

宏基因组学(Metagenomic)测序是一种越来越强大和流行的病毒发现工具,特别是当它允许对同一科中的某些病毒进行专门的鉴定时，这些病毒在基于PCR的筛查中经常被忽视，因为PCR筛查主要关注已知的或可能的病原体。因此,我们对蝙蝠病毒基因组（viromes）的了解在很大程度上是来源于大规模宏基因组学下一代测序(mNGS)的应用,尤其是总RNA测序，即宏转录组学(metatranscriptomics)。

在撰写本文时，存储在NCBI/GenBank（基因数据库）中的所有蝙蝠相关病毒序列中，有30%仅由mNGS（宏基因组学下一代测序）鉴定获得，较2016年的10%有所增加(图1)。最近发现的维特劳（Wittenau）蝙蝠奈洛病毒(Nairoviridae)和Ruhugu病毒(风疹病毒的近亲，属马氏病毒科－Matonaviridae)是有意义的例子。类似例子还有在蝙蝠中检测到的三角病毒（deltaviruses）(属柯氏病毒科－Kolmioviridae，丁型肝炎病毒近亲)，尽管这些病毒最初与人类的联系只发生在与乙型肝炎病毒共同感染的情况下。

图1.   蝙蝠病毒基因可公开获取序列的分类学分布。图中显示在NCBI / GenBank中的病毒序列,在其中,翼手目或单个蝙蝠物种被列为宿主。(a)属于RNA病毒的类群占蝙蝠病毒序列的百分比,和(b)NCBI每年发布的RNA病毒序列。(c)属于DNA病毒科的蝙蝠病毒序列的百分比和(D)NCBI 按年度发布的DNA病毒序列。

        mNGS（宏基因组学下一代测序）研究中通常只使用收集的蝙蝠尿液、唾液和粪便样本，因为这样做能将对蝙蝠种群的影响降到最低。在许多情况下，这也代表了病毒传播的可能途径，尽管这样做可能会错过与特定组织相关的病毒。对多个大陆上采集的蝙蝠粪便和尿液样本进行的分析发现，病毒来自腺病毒科、星状病毒科、杯状病毒科、冠状病毒科、黄病毒科、乳头瘤病毒科、副粘病毒科、细小病毒科、小核糖核酸病毒科、多瘤病毒科和呼肠孤病毒科。例如，一项研究涉及中国3种常见蝙蝠属：马蹄蝠(Rhinolophus)、鼠耳蝠(Myotis)和弯翼蝠(Miniopterus)，共收集了这些蝙蝠的4000多份肛门和咽拭子样品，鉴定发现了不同病毒科的新型病毒的序列，包括冠状病毒科和副粘病毒科(见下文)，以及来自布尼亚病毒目（Bunyavirales）的RNA病毒。

布尼亚病毒目目前包括12个科，其中一些科与人类疾病有关。在蝙蝠中发现了其中的5个科:沙粒病毒科（Arenaviridae）、内罗毕病毒科（Nairoviridae）、汉坦病毒科（Hantaviridae）、环布尼亚病毒科（Peribunyaviridae）和菲努伊病毒科（Phenuiviridae）。然而，值得注意的是，在蝙蝠体内检测到的许多病毒可能与蝙蝠的饮食和微生物群系有关，而不是蝙蝠本身受到感染。在利用粪便进行mNGS研究时尤其可能发生这种情况，同时还应小心排除试剂污染。

参考文献：

 Kate Van Brussel and Edward C Holmes，Zoonotic disease and virome diversity in bats，Current Opinion in Virology，Volume 52, February 2022, Pages 192-202，https://doi.org/10.1016/j.coviro.2021.12.008

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  蝙蝠中的人兽共患病和病毒基因组的多样性（1） 2022-02-09

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