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VASP-VTST计算过渡态

已有 3792 次阅读 2021-4-9 08:34 |系统分类:科研笔记

VASP-VTST计算过渡态

 

现用vasp版本为vasp5.4,基于此版本,重新编译vaspVTST代码及相关脚本下载地址:http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/index.html 

 

一、软件编译/安装

1. 修改内容:

Code change in the VASP main.F file

In VTST v2.04 and later, a modification is required in main.F for the solid-state NEB.

Find and replace:

CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &

     LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)

with

CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &

     TSIF,LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)

 

2. vtstcode的内容复制到VASPsrc目录下。

To install, download the files in vtsttools/source into your vasp source directory. There are other files in the package: neb.F, dynmat.F, dimer.F, lanczos.F, sd.F, cg.F, qm.F, lbfgs.F, bfgs.F, fire.F, and opt.F.

 

3. 修改内容:

Find the variable SOURCE, which defines which objects will be built, and add the following objects before chain.o (src/.objects):

bfgs.o dynmat.o  instanton.o  lbfgs.o sd.o   cg.o dimer.o bbm.o \

fire.o lanczos.o neb.o  qm.o opt.o

 

参考:1. http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/installation.html 2. http://hmli.ustc.edu.cn/doc/app/vasp.5.4.1-vtst.htm 

 

 

4. 修改上述内容后,重新编译VASP。(参考:https://www.bilibili.com/video/av39616222/ 

 

5. 将路径添加到环境变量中。(计算过程需用到相关脚本(vtstscripts),所以需要将该脚本直接添加到环境变量中。)

 

二、利用NEB计算

1. 优化初态和末态结构(这里分别建立两个文件夹inifin进行计算,默认位置:/home/vasp/NEB/test

2. 检查两个结构(优化后)的相似性。(dist.pl ini/CONTCAR fin/CONTCAR

3. 插点。(nebmake.pl ini/CONTCAR fin/CONTCAR N,这里N为需要插入点的个数

4.准备输入文件(INCARKPOINTSPOTCAR)。

直接拷贝结构优化时的文件过来,然后修改INCAR文件。需要注意的几个关键参数:

IBRION = 3, POTIM = 0识别并启动VTST

IOPT = n选择优化算法。ISIF=3IOPT=0必需为3or7)

ICHAIN=0开启NEB方法

LCLIMB = .TRUE. 爬坡即CI-NEB

IMAGES = 插点个数

SPRING = 弹簧力常数,用-5默认值即可

5.计算。

计算时必须保证所用核的个数能够被插点个数整除。

6.分析结果。

 

参考:1. http://blog.wangruixing.cn/2019/08/19/cineb/ 2. http://bbs.keinsci.com/thread-7489-1-1.html 3. https://cndaqiang.github.io/2018/12/07/NEB/ 

 




https://wap.sciencenet.cn/blog-3469498-1281065.html

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