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基于Hi-C数据的三维基因组数据分析与可视化-2022.12.02: 姚刚 2022-12-2 23:09; 个人分类: 数据分析|1016 次阅读|没有评论

基因组注释工具Braker2的报错与解决措施-2022.12.02: 姚刚 2022-12-2 23:06; ● 报错1 ● 报错内容： ● mv: cannot stat ‘/path/genemark_hintsfile.gff.rnaseq.tmp’: No such file or directory ● ERROR in file /path/ braker.pl at line 6295 ● Failed to execute: mv /path/braker/genemark_hintsfile.gff.rnaseq.tmp /p ...; 个人分类: 数据分析|2014 次阅读|没有评论

基因家族聚类软件Orthofinder的报错与解决措施-2022.12.02: 姚刚 2022-12-2 22:47; ● 报错1 ● 报错内容： ERROR: external program called by OrthoFinder returned an error code: 1 ● 解决措施： ● ① 降低orthofinder版本 ● ② 删除氨基酸序列中的点或把点替换为X，sed -i '/^/!s/\./X/g' filename.fast ...; 个人分类: 数据分析|3548 次阅读|没有评论

基因组注释工具MAKER的报错与解决措施-2022.12.02: 姚刚 2022-12-2 22:37; ● 报错1 ● 报错内容： ERROR: Could not determine if DFam is installed ● 解决措施： ● export LIBDIR=/your_path/envs/maker/share/RepeatMasker/Matrices ● export LIBDIR=/your_path/envs/maker/share/RepeatMasker/Libraries ● ...; 个人分类: 数据分析|2837 次阅读|没有评论

近五年泛基因组构建工具集锦(2022-03-07): 姚刚 2022-3-7 23:43; pan-genome GraphTyper Programing language：C++ Reference： 10.1038/ng.3964（ Nature Genetics ，2017） 10.1038/s41467-019-13341-9（ Nature Communications ，2019） Manual： https://github.com/DecodeGenetics/graphtyper/wiki/User-guide Li ...; 个人分类: 生信软件分类汇总|1964 次阅读|没有评论

群体基因组学在野生生物保护和管理中的应用（文献笔记）: 姚刚 2021-9-6 09:32; DOI: 10.1111/mec.15720 ● 1.前言 ● 1.1野生生物对群体基因组学的需求 ● 群体基因组学是当下重要的研究方法 ● 野生群体面临的威胁 ● 栖息地的丢失与改变 ● 开发导致的直接死亡 ● ...; 个人分类: 文献笔记|3585 次阅读|没有评论

群体历史推断软件汇总: 姚刚 2021-8-5 16:52; （1） δaδi Programming language：C，Python Reference：10.1371/journal.pgen.1000695（ PLoS Genetics ，2009） Manual：https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi/src/master/doc/user-guide/ & ...; 个人分类: 生信软件分类汇总|3698 次阅读|没有评论

自然杂交研究中检测渐渗和基因流的软件: 姚刚 2021-7-22 00:27; (1)Migrate-n Programming language：Perl Reference: Estimation of migration rates and population sizes in geographically structured populations（ NATO ASI SERIES A LIFE SCIENCES，1998 ） &nbs ...; 个人分类: 生信软件分类汇总|3784 次阅读|没有评论

第七章多元函数: 姚刚 2021-7-10 00:40; 个人分类: 数学笔记|1091 次阅读|没有评论

C语言标准库——学习笔记-第12章02-标准内容02: 姚刚 2021-7-10 00:32; 个人分类: 计算机学习笔记|1155 次阅读|没有评论

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