近期大火的 AlphaFold 登上了圈内圈外的热搜榜。作为外行，我阅读了几位大师的评论和采访，总结了以下几条我个人认为最关键的信息。

问题一：蛋白质结构预测领域主流的实验方法有哪些？

回答：目前，冷冻电子显微镜（CryoEM）、核磁共振或X射线晶体学等实验技术，是蛋白质 3D 结构发现的常规方法。

问题二：AlphaFold 是否会取代实验的蛋白结构发现方法？

回答：会取代很大一部分，尤其是在低分辨率下，特别是用冷冻电子显微镜进行的结构发现准确性较低。

问题三：AlphaFold 的这次成功凭借的是什么“利器”？

回答：是注意力机制（Attention Mechanism）。注意力机制的引入，解决了如何更好地从多序列对齐（Multiple Sequence Alignment）数据中提取特征以指导结构预测的问题。

问题四：AlphaFold 还有没有待提升的空间？

回答：AlphaFold 的表现集中体现在对于蛋白质静态结构的预测。在蛋白-蛋白相互作用结构、C 端 N 端的序列、蛋白质结合位置和蛋白质结构变化等领域，AlphaFold 还有待进一步改良。另外，AlphaFold 在各项指标评比中强调的是中位数，甚至都不是平均数。这就表明，AlphaFold 在有些蛋白的预测结果较差。