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论文交流| 观点总结| 科研笔记|
inCITE-Seq以及“mRNA-核内蛋白”线性回归模型
李阳 2022-1-30 04:45
文献梗概： 1、作者开发了inCITE-Seq技术，检测细胞核内蛋白质和mRNA的含量； 2、作者建立了一个线性回归模型，通过“实验条件-批次-细胞类型-蛋白质含量”来解释mRNA含量。 ==================================
个人分类: 科研笔记|1317 次阅读|没有评论
当审稿人质疑你的数据规模
李阳 2021-12-23 03:57
湿实验室对新鲜出炉的测序数据（例如：scRNA-Seq）完成分析后，可能会面临审稿人的如下质问：“ 鉴于scRNA-Seq数据中，每个细胞类型的规模太小，无法判断细胞类型之间的某个指标存在显著差异 。”这种情况应该如何应对？下面是本人基于自身的小经验，给出的上下两策。 如果实验室财力和人力 ...
个人分类: 科研笔记|2926 次阅读|没有评论
生物信息学中的统计检验大起底
李阳 2021-12-22 11:22
曾经以为数学各个分支在生物信息学中具有相似的地位。读博以后才知道统计检验的重要性。看《Nature》《Science》《Cell》等大杂志中，哪怕是纯实验的研究，最后都逃脱不了统计显著性。作为离散数学（组合最优化）出身的博士，不得不专门补习一下生物信息学中的常用统计检验方法。 我们以统计检验作为分 ...
个人分类: 科研笔记|3054 次阅读|没有评论
单细胞转录组测序的完整分析流程
李阳 2021-6-5 09:16
作为数学出身的生物信息学研究员，设计模型和开发算法是我们的强项。但是短板在于不得不依赖合作者提前将数据处理成我们所“认识”的格式，例如：矩阵、表格和文本，等等。众多生物数据中，转录组数据始终占据“C位”。因此，今天我来详细总结一下从拿到测序数据到完成基本数据分析（例如：整合、降维和聚类 ...
个人分类: 科研笔记|9419 次阅读|没有评论
肿瘤微环境基础知识汇总
李阳 2021-5-19 03:21
肿瘤微环境 （英语：Tumor microenvironment）是指肿瘤细胞存在的周围微环境，包括 周围的血管、免疫细胞、成纤维细胞、骨髓源性炎性细胞、各种信号分子和细胞外基质（ECM） 。其中， 成纤维细胞 ，或称纤维母细胞，是一种存在于蜂窝组织或纤维结缔组织中的梭形细胞 ，能够 分泌构成细胞外基 ...
个人分类: 科研笔记|3412 次阅读|没有评论

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