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论文交流| 观点总结| 科研笔记|

科研避坑经验: 热度 3 李阳 2022-4-7 07:13; 本人作为生物信息领域人员，积累的经验不多，踩的坑倒是不少。虽然阅历有限，但是不吐不快。下面我先列举一下我所踩过的坑，抛个砖，欢迎大家补充和拍砖。现在开始：摊子太大。做科研有点像美国总统选举，如果总统候选人得到了48个州的支持，那么副总统候选人就一定要覆盖剩余的两个州，而不一定是支 ...; 个人分类: 观点总结|4255 次阅读|7 个评论热度 3

关于深度学习和单细胞数据分析的一点笔记: 李阳 2021-12-6 05:42; 首先，深度学习（Deep Learning，DL）的最大优势就是通过一连串分层次的基本运算挖掘单细胞数据内部的复杂关系。在这一点，两者是非常“般配”的。最基础的例子包括：降噪、降维和特征提取。然后，这些输出可以作为输入直接进行细胞聚类。另外，DL还可用于数据融合和消除批次效应（Batch Effect）。以上是深 ...; 个人分类: 观点总结|1988 次阅读|没有评论

scATAC-Seq数据预处理和基础分析流程: 李阳 2021-8-26 13:11; 转坐酶（ Transpose ）检测染色质开放性（ Accessibility ）结合高通量测序（ Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing ， ATAC-Seq ）技术能够一次性检测样本中染色质的开放性，无需像 ChIP-Seq 技术一样需要选择某一个 TF 进行试验。另外，由于测序成本远远低于它的同 ...; 个人分类: 观点总结|9036 次阅读|没有评论

关于AlphaFold的几点感受: 李阳 2020-12-3 02:24; 近期大火的 AlphaFold 登上了圈内圈外的热搜榜。作为外行，我阅读了几位大师的评论和采访，总结了以下几条我个人认为最关键的信息。问题一：蛋白质结构预测领域主流的实验方法有哪些？回答：目前，冷冻电子显微镜（CryoEM）、核磁共振或X射线晶体学等实验技术，是蛋白质 3D 结构发现的常规方法。问题二：Alp ...; 个人分类: 观点总结|4880 次阅读|没有评论

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