lammps 中dangerous不等于0的解决方法

周龙 2021-4-24 21:11

简记一下今天出现的问题和解决方法： 问题 ： in文件程序能完整运行结束，运行过程不出现任何报错，但是在程序结束时的log文件中有一项Dangerous=20 解决方法： 正常情况下这个只应该为0，但是如果in文件的运行步数很大时（10000）这个值也是可以接受的，因为有些时候力计算不准确，Dangerous=20影响不 ...

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lammps关于rdf，msd，group/group，com几个参数的计算

周龙 2021-4-16 08:52

lammps关于rdf，msd，group/group，com几个参数的计算 1 rdf rdf又称g( r )，rdf的计算与输出通过以下命令计算输出： 1 2 compute ID group-ID rdf Nbin itype1 jtype1 itype2 jtype2 ... fix ID group-ID ave/time Nevery Nrepeat Nfreq value1 value2 ... keyword args ... 其中，Nbin类 ...

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[转载]230种空间群

周龙 2021-4-15 14:27

230种空间群.pdf

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[转载]Moltemplate安装

周龙 2021-4-12 17:04

安装需要 Windows下子系统（WSL），Ubuntu 18.04 LTS Python安装， Python3.8.2 Moltemplate安装包，可git，可直接download压缩包， Package download Windows子系统安装 启动Microsoft Store，点击搜索输入Linux，在搜索结果内找出需要安装的Linux系统，我这里选择了Ubuntu，点击获取按钮，等待下 ...

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有关分子动力学模拟的书

周龙 2021-4-10 10:19

有关分子动力学模拟的书 原子模型 Atomistic Models 原子尺度的化学建模已成为化学研究的通用工具，但要理解所应用方法的局限性或解释结果并不总是那么容易。 在这里，在M.Sc./Ph.D上介绍了计算化学的概念。 级别（假设物理化学的基础知识。 ...

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势函数： Buckingham Potential

周龙 2021-4-10 10:10

在理论化学中，白金汉势是理查德·白金汉（Richard Buckingham）提出的一个公式，该公式描述了两个不直接键合的原子根据原子间距离 r 的相互作用的保利排斥原理和范德华能量 。 它是多种原子间电势。 在此， A ， B 和 C 是常数。 右侧的两个项构成排斥和吸引，因为它们相对于 r 的一阶导数 ...

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周期性边界条件

周龙 2021-4-10 10:08

周期性边界条件（PBC）是一组边界条件，通常通过使用称为单位单元的一小部分来选择它们，以近似大型（无限）系统。PBC通常用于计算机仿真和数学模型中。二维PBC的拓扑与某些视频游戏的世界地图的拓扑相同。晶胞的几何形状满足完美的二维平铺，并且当一个物体穿过晶胞的一侧时，它以相同的速度重新出现在另一侧。用拓扑 ...

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lammps相关软件篇

周龙 2021-4-10 10:07

1. Avogadro软件 Avogadro是先进的分子编辑器和可视化工具，旨在用于计算化学，分子建模，生物信息学，材料科学及相关领域中的跨平台使用。 它提供了灵活的高质量渲染和强大的插件体系结构。 该软件最重要的功能是： 跨平台：适用于Windows，Linux和Mac OS X的分子构建器/编辑器。 免费，开源：易 ...

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