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[转载]MrBayes 操作说明

2023-5-20 15:55

https://bin-ye.com/post/2019/10/19/%E5%A5%BD%E5%A5%BD%E5%85%88%E7%94%9F-mrbayes-%E6%93%8D%E4%BD%9C%E8%AF%B4%E6%98%8E/ 好好先生 —— MrBayes 操作说明 Tags: summary 由 Fredrik Ronquist, John Huelsenbeck Maxim Teslenko 开发的 MrBayes 是一款相当稳定好用的系统树重建软件。 ...

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[转载]使用 ProtTest 来选择最优氨基酸替代模型

2023-5-19 22:04

转载至陈老师: http://www.chenlianfu.com/?p=2217 使用 ProtTest 来选择最优氨基酸替代模型 发表于 2014 年 7 月 7 日 1. ProtTest 简介 ProtTest 用来进行最优氨基酸替代模型的选择。相应的，适用于核苷酸的软件是 jModeltest。 ProtTest 通过 PhyML 对进化树和模型参 ...

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[转载]系统发育树构建相关问题，直系同源的——DNA序列，or蛋白序列

2023-5-19 10:02

1、检索到的原问题 To do a phylogeny analysis, what is preferred~ nucleotide or protein sequence? https://www.researchgate.net/post/Which_type_of_sequence_should_be_used_for_phylogenetic_tree_construction_conserved_or_non_conserved Which is more informative: a phylogenetic tree based on alig ...

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[转载]orthofinder构建单拷贝基因发育树——相关命令参数

2023-5-19 09:57

一、 1、conda activate orthofinder #激活进入orthofinder,提前用conda安装好orthofinder及其环境变量 2、$nohup orthofinder -f co_evolution_protein/ -S diamond -M msa -T iqtree -t 200 -a 200 3、终端关闭，再次登录查看进程 jobs -l #终端未关闭可用，选项可显示当前终端所有任务的PID ...

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[转载]基因家族收缩和扩张分析

2023-5-18 17:38

一、分析流程 1、将fasta蛋白序列进行eggNOG注释，并提取最长转录本，去除少于30个氨基酸的蛋白序列，未成功注释序列去除，去除可变剪切和冗余基因 2、建立BLAST数据库，使用blastp进行 all-by-all 的比对 3、使用MCL基于blastp结果进行聚类，基因序列相似的通常是一个基因家族 4、paml-mcmctree推断物种分化时间（由 ...

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[转载]eggNOG数据库相关文件理解

2023-5-17 16:48

一、 1、eggNOG注释原理 通过 已知蛋白 对 未知序列 进行功能注释； 通过查看指定的 eggNOG编号 对应的 protein数目，存在及缺失 ，从而能推导特定的代谢途径是否存在； 每个 eggNOG编号 是 一类蛋白 ，将 query序列 和 比对上的eggNOG编号 的proteins进行 多序列比对 ，能确定 保守位点 ，分析其 进化关系 。 2、访 ...

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[转载]【链接】估算系统树分歧时间 —— paml.mcmctree,r8s

2023-5-16 23:32

https://yanzhongsino.github.io/2021/03/25/bioinfo_phylogeny_caculate.divergence.time/

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基因家族收缩与扩张——提取最长转录本序列操作

2023-5-16 17:19

一、获取eggNOG注释信息 1、准备蛋白的fasta格式文件，压缩为.gz格式作为输入文件 gzip -c example.fasta example.fasta.gz 2、提交到网站 http://eggnog-mapper.embl.de/ 3、用seqkit建立ID和序列长度索引，并导出 seqkit faidx example.fasta -w 0 example.fasta .fai #-w 0 表示 ...

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[转载]泛基因组学习

2023-3-2 15:38

https://blog.sciencenet.cn/blog-526326-1310902.html 泛基因组（1）：突破科赫法则的微生物泛基因组-----缘由、概念、起步 已有 3865 次阅读 2021-11-4 13:18 |系统分类: 教学心得 从人类遗传学和肿瘤学到植物育种、微生物学和病 ...

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