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[转载]基因家族收缩和扩张分析
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一、分析流程
1、将fasta蛋白序列进行eggNOG注释，并提取最长转录本，去除少于30个氨基酸的蛋白序列，未成功注释序列去除，去除可变剪切和冗余基因
2、建立BLAST数据库，使用blastp进行 all-by-all 的比对
3、使用MCL基于blastp结果进行聚类，基因序列相似的通常是一个基因家族
4、paml-mcmctree推断物种分化时间（由于r8s无法正常使用）
5、解析MCL的输出结果，用作CAFE的输入，推断基因家族收缩和扩张
二、
1、用paml-mcmctree估算分歧时间，蛋白数据——用codeml模型，
准备三个输入文件：
1.1 input.tre - 带有校准点的有根树文件
#cat input.tre5 1 |
文件内容包含两行：第一行表述树中有n个物种，共计1个树，两个数值之间用空格分割；第二行则是Newick格式树信息。
其中第二行包含有校准点信息。校准点信息一般指95%HPD（Highest Posterior Density）对应的置信区间；校准点单位是100MYA（软件说明文档中使用该单位，也推荐使用该单位，若使用其它单位，后续配置文件中的相关参数也需要对应修改）。
此外，Newick格式的树尾部一定要有分号，没有的话程序可能不能正常运行。
1.2 input.phy - 多序列比对文件（phylip格式）
1.3 mcmctree.ctl - mcmctree程序的配置文件，（程序自带，只需适当调整几个参数即可）
三、MrBayes建树
1、#创建环境并安装mrbayes以及相关依赖包 conda create -n mb mrbayes=3.2.7a
2、 To activate this environment, use
#
# $ conda activate mb
#
3、 To deactivate an active environment, use
#
# $ conda deactivate
参考安装 https://www.jianshu.com/p/bd17d869a82c
官网 http://nbisweden.github.io/MrBayes/manual.html
https://wap.sciencenet.cn/blog-3434047-1388519.html
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