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[转载]ggtree美化进化树: 杨志远 2023-6-13 11:18; dir()#查看工作目录 example_corynebacteria.tree.nwk example_corynebacteria.tree.reroot.xml library(ggplot2)#加载ggplot2 library(ggtree)#加载 ggtreetree=read.tree(example_corynebacteria.tre ...; 个人分类: R语言|1272 次阅读|没有评论

[转载]iTOL美化进化树 -学习链接: 杨志远 2021-5-10 22:51; https://mp.weixin.qq.com/s/5jQspEvH5_4Xmart22gjMA http://blog.sciencenet.cn/blog-3334560-1137465.html 链接地址： http://blog.sciencenet.cn/blog-3334560-1129581.html; 个人分类: R语言|1658 次阅读|没有评论

[转载]Mantel test及衍生的MRM方法: 杨志远 2021-3-26 16:20; 本文主要介绍Mantel test及衍生的MRM方法。 https://my.oschina.net/u/4579341/blog/4347023 —Let's begin— 1 Simple Mantel test Mantel test计算的是两个不相似矩阵之间的相关性。生态学上的意义是验证环境相似的地方是否物种也相似；环境不相似的地方物种是否不相似 ...; 个人分类: R语言|10594 次阅读|没有评论

iCAMP学习5--定量评估草地微生物响应增温的群落组装--NC2020: 杨志远 2021-3-23 17:58; A quantitative framework reveals ecological drivers of grassland microbial community assembly in response to warming Daliang Ning 1,2, Mengting Yuan 1,3, Linwei Wu 1 , Ya Zhang1 , Xue Guo 1,2, Xishu Zhou1,4, Yunfeng Yang 2, Adam P. Arkin5,6, Mary K. Firestone3,7 Jizhong Zhou 1,2,7,8 ...; 个人分类: R语言|6044 次阅读|没有评论

iCAMP学习5--定量评估生态随机性的一般框架-PNAS2019: 杨志远 2021-3-23 11:15; A general framework for quantitatively assessing ecological stochasticity Daliang Ninga,b,c, Ye Denga,b,d,e, James M. Tiedjef,1, and Jizhong Zhoua,b,c,g,1 摘要理解生物多样性的群落组装机制模式，是生态学的核心问题。尽管一般认为，确定过程和随机过程在群落组合中都扮演了重要角色，但对它 ...; 个人分类: R语言|5145 次阅读|没有评论

iCAMP学习4--群落组装机制综述（周集中和宁大亮-MMBR）: 杨志远 2021-3-22 11:49; Stochastic Community Assembly: Does It Matter in Microbial Ecology? Jizhong Zhou,a,c,d Daliang Ninga,b （December 2017 Volume 81 Issue 4 e00002-17 Microbiology and Molecular Biology Reviews）摘要：理解控制群落多样性，功能，演替和生物地理学的机制是生态学（尤其是微生物生态学）的中心主题，但知之 ...; 个人分类: R语言|10409 次阅读|没有评论

[转载]iCAMP学习3——群落组装机制后续分析——Mantel test及衍生的MRM方法: 杨志远 2021-3-17 17:40; https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1OTk3NjEwMA==mid=2247484649idx=3sn=70f7bc51685ecbd7303332cf13f92927chksm=ea71fa22dd06733450124f05fb1fc62dda118977308178d9c3925087e64c48f65261699c7fb7scene=21#wechat_redirect 本文主要介绍Mantel test及衍生的MRM方法。 —Let's begin— ...; 个人分类: R语言|3577 次阅读|没有评论

[转载]iCAMP学习2-群落组装机制分析: 杨志远 2021-3-17 17:08; https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1OTk3NjEwMA==mid=2247487267idx=1sn=6b776e219d1a782adc96b3f4937c2d7achksm=ea71f1e8dd0678fe0f5e3e03a06f98483cf2923c0df0f600c821dcda8c109217924afbe91ad4scene=178cur_album_id=1568899743559303169#rd 但是文章没有具体讲解方法是如何实现的。本文进行 ...; 个人分类: R语言|3738 次阅读|没有评论

[转载]iCAMP学习-1 群落组装机制: 杨志远 2021-3-17 11:42; https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1OTk3NjEwMA==mid=2247487267idx=1sn=6b776e219d1a782adc96b3f4937c2d7achksm=ea71f1e8dd0678fe0f5e3e03a06f98483cf2923c0df0f600c821dcda8c109217924afbe91ad4scene=21#wechat_redirect 之前广泛使用的stegen的群落构建理论是基于对系统发育树整体打乱的基 ...; 个人分类: R语言|3981 次阅读|没有评论

群落装配过程的随机性和确定性: 杨志远 2021-2-3 22:30; 微生物生态学的一个重要问题是，某一物种在跨越时空的过程中动态变化，是否被环境所影响，通过环境影响物种的有无及其丰富度的多少，则说明受确定性过程支配；如果对环境不敏感，物种丰度是概率性分布和随机改变的，说明不受环境影响，则说明是随机性过程支配。需要计算 ...; 个人分类: R语言|5386 次阅读|没有评论

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