科学网—Xiaowuguijinniu的博文 - 第2页

设为首页收藏本站

开启辅助访问切换到宽版

科学网 › 我的中心 › 博文 › Xiaowuguijinniu的博文

Xiaowuguijinniu

https://wap.sciencenet.cn/?3433349

名词解释| R语言| QIIME 2| Metawrap| 基因家族| 基金项目申请|

[转载]基于16S的细菌群落功能预测工具PICRUSt2（PICRUSt的升级版）: 吴潇 2020-8-12 09:41; 基于 16S 的细菌群落功能预测工具 PICRUSt2 前文已经展示了使用 PICRUSt 基于 16S 丰度组成预测群落功能的方法。尽管 PICRUSt 在刚开始推出时非常受欢迎，但由于它是 2013 年开发的工具，已经是很多年前的事情了，并且其所依据的 GreenGene 16S 物种注释数据库也在 2013 年后就没再更新，信息较老 ...; 8639 次阅读|没有评论

[转载]简单易懂的在线网站datamonkey：支系、基因、位点的选择压力检测: 吴潇 2020-8-6 17:14; 今天，为大家带来一个在线网站 datamonkey ，可以同时检测支系、基因、位点的选择压力。 datamonkey网址： http://www.datamonkey.org/ 网站长这样： image 该网站接受三种输入模式，分别为NEXUS、PHYLIP、FASTA。另外要注意的是：输入文件不接受包含终止密码子的序列文件、不接受不被3整除的序列文件。因 ...; 个人分类: 基因家族|2661 次阅读|没有评论

[转载]NOVOPlasty: 吴潇 2020-7-27 10:15; NOVOPlasty 是一个perl脚本，没有依赖任何其他软件，下载好以后直接可以使用。下载链接： https://github.com/ndierckx/NOVOPlasty 其基本使用方法是 perlNOVOPlasty3.7.2.pl-cconfig.txt config.txt 文件是需要我们自己准备的，软件包里提供了这个文件，我们需要对应着改里 ...; 4546 次阅读|没有评论

[转载]构建进化树---核苷酸替换饱和度检验: 吴潇 2020-7-24 08:31; 在进行系统发育分析时需要通过构建系统发育树来描述物种之间的进化关系，主要是通过同源DNA的核苷酸序列或者同源蛋白质分子的氨基酸序列可以实现构建进化树。通过比对序列构建系统进化树的的基本假设是核苷酸和氨基酸序列中含有生物进化历史的全部信息。对于同源DNA的核苷酸序列，在其构建进化树之前，需要进行序列饱 ...; 个人分类: 基因家族|6389 次阅读|没有评论

[转载]一文读懂进化树（图文详解）: 吴潇 2020-7-10 07:44; 一、什么是进化树系统发育进化树 ( Phylogenetic tree )：一般也叫系统进化树，进化树。它可以利用树状分支图形来表示各物种或基因间的亲缘关系。建进化树的过程，用术语讲：分支系统发育分析 ( Molecular phylogenetic analysis )：是用来研究物种或序列进化和系统分类的一种方法。一般研究对象 ...; 15150 次阅读|没有评论

[转载]基因正选择分析: 吴潇 2020-7-9 20:18; 一、自然选择的检测非同义替代与同义替换的比值，即：ω值，也就是通常所说的dN/dS（或Ka/Ks）。（1）当ω=1时，中性进化（Neutral selection），即不受选择：（2）当ω1时，正选择（Positive selection）；（3）当0ω1时，负选择（Ne ...; 11560 次阅读|没有评论

[转载]PAML中文手册: 吴潇 2020-7-9 18:06; 1 综述 PAML（将最大似然法用于系统发育分析）是一个用最大似然法来对DNA和蛋白质序列进行系统发育分析的软件包。 PAML 文档除了这个手册，请注意以下资源： PAML站点：http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/PAML.html 含有下载和编译程序的信息。 PAML FAQ页面：http://abacus.gene.ucl.ac.uk/softwa ...; 8806 次阅读|没有评论

将比对好的fasta序列转换成relaxed phylip格式: 吴潇 2020-7-9 15:16; library(devtools) install(phylotools) library(phylotools) dat-read.fasta(aligned.fasta) dat2phylip(dat,outfile=out.phy); 2436 次阅读|没有评论

[转载]利用iTOL在进化树中用颜色体现样品分组信息: 吴潇 2020-7-9 10:21; 方法一：标签颜色区分样品分组利用标签的颜色来区分样品分组，不同颜色代表不同的分组。如下所示：要实现上方进化树图中对每一个样品或基因名称设置不同字体颜色用以分组，需要准备以下配置文件，其结构如下： TREE_COLORS SEPARATORTAB DATA 155864label ...; 6458 次阅读|没有评论

[转载]图解核苷酸替代模型的选择 - ModelGenerator 篇(By Raindy): 吴潇 2020-7-8 07:47; 【絮语】　　关于核苷酸替代模型的选择，本人空间已经先后介绍了MrModel、Modeltest、jModelTest等软件的使用图解，这些软件各有优缺点。这里介绍另一款替代模型的选择软件- ModelGenerator 。相比较而言，该软件是目前唯一一款可以同时支持核苷酸（56种）和氨基酸（96种）替代模型的选择，且 ModelG ...; 2367 次阅读|没有评论

123 4 5 6 下一页

会议

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-5-20 04:07

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部