[转载]DnaSP(基因多态性分析软件)

吴潇 2022-9-21 15:02

DnaSP(基因多态性分析软件)是一款专业的DNA比对分析软件，多用于分析核苷酸多态性。属于生物、医学领域。DnaSP可通过合并估计，分析置信区间,输入比对后的DNA序列文件，进行基因多态性分析,其结果通过表格和图形的形式显示。 下面我们就来介绍一下DnaSP分析序列的使用方法。 操作步骤 打开DnaSP ...

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[转载]简单易懂的在线网站datamonkey：支系、基因、位点的选择压力检测

吴潇 2020-8-6 17:14

今天，为大家带来一个在线网站 datamonkey ，可以同时检测支系、基因、位点的选择压力。 datamonkey网址： http://www.datamonkey.org/ 网站长这样： image 该网站接受三种输入模式，分别为NEXUS、PHYLIP、FASTA。 另外要注意的是：输入文件不接受包含 终止密码子 的序列文件、不接受 不被3整除 的序列文件。 因 ...

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[转载]构建进化树---核苷酸替换饱和度检验

吴潇 2020-7-24 08:31

在进行系统发育分析时需要通过构建系统发育树来描述物种之间的进化关系，主要是通过同源DNA的核苷酸序列或者同源蛋白质分子的氨基酸序列可以实现构建进化树。通过比对序列构建系统进化树的的基本假设是核苷酸和氨基酸序列中含有生物进化历史的全部信息。对于同源DNA的核苷酸序列，在其构建进化树之前，需要进行序列饱 ...

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[转载]多序列比对，进化树分析，保守位点分析

吴潇 2020-7-7 17:19

多序列比对 Clustalw，Clustalx 与 MEGA的下载安装 Clustalw 下载链接： http://www. clustal.org/download/cu rrent/clustalw-2.1-win.msi Clustalx 下载链接： http://www. clustal.org/download/cu rrent/clustalx-2.1-win.msi MEGA 下载链接： http://www. megasoftware.net/releas es/MEGA7.0.26_ ...

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[转载]构建进化树---保守序列的选择

吴潇 2020-7-7 16:33

一、什么是保守序列 保守序列（Conserved Sequence ）：指DNA分子中的一个核苷酸片段或者蛋白质中的氨基酸片段，它们在进化过程中基本保持不变。摘自百度百科。 二、构建进化树过程中，为什么选择保守序列 在系统发育分析中需要构建系统发育树说明物种之间的进化关系，系统发育树的构建基于不同物种间的同源序列（ ...

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[转载]比对及用Gblocks处理比对序列

吴潇 2020-7-7 16:23

多序列比对是进化分析的基础，有时用来区分一组序列之间的差异，但其主要用于描述序列之间的相似性关系，常用的软件有 Muscle / MAFFT / ClustalW / T-coffee。 2004年Robert C. Edgar发表的文章对这几个软件进行了评估，在准确性和速度方面，Muscle的综合性能是最高的。 01 MUSC ...

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[转载]选择压力分析之EasyCodeML完整篇（By Raindy）

吴潇 2020-7-7 13:52

絮语： 自然选择是五种遗传力（突变、重组、选择、基因流、漂变）之一，选择压力分析更是进化分析中不可或缺的一项重要内容。虽然本人也整理过包括《 PAML FAQ 》、《正选择分析之 Branch site model 篇（ By Raindy ）》和《 EasyCodeML 使 ...

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[转载]基于全基因组的基因家族分析（2）：SlNRAMP家族基因成员鉴定

吴潇 2020-6-29 08:06

1.找到你所感兴趣的基因家族 番茄（ Solanum lycopersicum ），最喜爱的蔬菜水果之一。摘录维基百科最基本的介绍，详细了解番茄的起源，自行Google。小编还是喜欢 Transporter gene family，就觉得特别有意思。植物对于各种营养元素的吸收，都需要其帮助，一旦缺少了，轻则营养不良，重则一命呜呼。本次流程， ...

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