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使用ase 建模 ,切晶面

已有 8547 次阅读 2020-5-30 22:18 |个人分类:ase|系统分类:科研笔记| ase 读取文件, 扩胞 切晶胞

ase 可以建模 ,切晶面 ,扩胞等一系列操作十分方便

第一步建模

通过ase 可以读取POSCAR xyz 等文件, 就直接建模了,十分方便。也可以自己搭建模型。也可写出文件,这个功能可以转换文件格式

ase.visualize 可以查看原子结构

import ase 

from ase.io import read ,write

from ase.visualize import view

ticl4 = read('2.vasp') # 2.vasp 是该文件夹下自己准备好的POSCAR 文件

view(ticl4)

就得到图像

lzx.png

我们可以通过该命令使该晶胞扩胞

a = ticl4*(2,2,1)  # (在x,y 方向扩胞两倍)

view(a)

得到图像

lzx2.png

可以说十分方便。接下来我们来学习切晶胞

首先在该目录下准备一个POSCAR.vasp 文件,比如这次我们准备了一个Cu的bulk

import ase 

from ase.io import read ,write

from ase.visualize import view

Cu = read('Cu.vasp')

view(Cu)

可以得到晶胞

lzx3.png

在添加命令

from ase.build import cut

Cusurface = surface(Cu,(1,1,0),4)# 切的110面,4层

Cusurface.center(vacuum=10,axis=2) # 加真空层

view(Cusurface)

即可得到图像

lzx4.png

完整代码如下


import ase   

from ase.build import cut

from ase.visualize import view

from ase.io import read, write

Cu = read('Cu.vasp')

#view(Cu) 

Cusurface = surface(Cu,(1,1,0),4)

Cusurface.center(vacuum=10,axis=2)

view(Cusurface)

  该文本保存为Cu 通过cmd 进入 该文本目录输入python Cu 即可运行

image.png

谢谢大家观看,以后还会更新关于ase 的内容。



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