•RNA分子参与了细胞里多种生化过程，其功能作用由其结构确定；而通常较容易实验得到的仅有RNA分子所包含的碱基（A,U,G,C）序列，并非由这些碱基相互作用形成化学键进而折叠形成的三维结构。

•在复杂性和准确度上进行折衷，人们对RNA的二级（二维）结构从数学计算和预测的角度进行了大量研究。 

•RNA二级结构里，人们识别出可能对其功能起决定作用的子结构，包括：茎区（stack），发夹环（hairpin），凸包（bulge），内环（internal loop），多环（multiloop），外环（exterior loop）等 。下图为一个RNA二级结构的例子：

•从计算和预测的角度来讲，一方面需要知道有意义的、满足一定性质的可能结构的数量级，另一方面希望有高效的算法可以随机生成一个满足性质的可能结构 

•现有技术：不能计算和设计算法随机生成满足多个子结构联合分布的RNA二级结构

进展：我们给出了满足多个子结构联合分布的精确计算公式，并设计出随机生成一个满足该联合分布的RNA二级结构的算法。

单从影响因子来讲，这个工作也可以投影响因子更高的杂志；由于其它考量，最后选择发表在国际生物数学学会旗舰期刊 Bulletin of Mathematical Biology 上。论文链接：RNA Secondary Structures with Given Motif Specification: Combinatorics and Algorithms | SpringerLink

合作者: Christian Reidys (弗吉尼亚大学教授)， Michael Waterman（南加州大学教授）

展望：该工作可以潜在用于帮助校准自由能模型的子结构能量参数，可以结合机器学习来预测RNA二级结构等等。

RakeSamp 软件和C++语言代码免费发布在GitHub https://github.com/RickyXFChen/RakeSamp.

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