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medRxiv/bioRxiv最新4篇论文,评估新冠病毒的人类受体结合能力

已有 3427 次阅读 2020-2-4 18:49 |个人分类:小柯生命|系统分类:论文交流

编译|小文


预印本网站medRxiv和bioRxiv最新更新4篇论文,主要内容为:


复旦大学等机构的研究人员基于实验得到的SARS-CoV S-RBD-ACE2复杂结构,进行了大规模蛋白-蛋白对接,从而量化了2019-nCoV S-蛋白受体结合域(S-RBD)与人受体ACE2的相互作用;


中山大学的研究人员进行了利托那韦和洛匹那韦对武汉肺炎冠状病毒作用靶点的分子模拟评估;


美国哥伦比亚大学等机构研究人员发现2019-nCoV(武汉冠状病毒)的高区分度的氨基酸序列,并分析了季节性冠状病毒的无症状感染率测量与临床护理寻求。


注意:预印本网站medRxiv和bioRxiv的所有论文未经同行评议。


bioRxiv

 
评估2019年新型冠状病毒(2019-nCoV)的人类受体结合能力
 
2002-2003年SARS、2012-2015年MERS以及2019-2020年武汉呼吸综合征的暴发清楚表明,动物冠状病毒(CoV)的基因组进化可能使其获得人类传播能力,从而对全球公共健康造成严重威胁。
 
人们普遍认为,冠状病毒的人类传播是由其突刺蛋白(S蛋白)与宿主细胞表面上的人类受体的相互作用引起的。
 
因此,对这些相互作用的定量评估可用于评估CoV的人类传播能力。

但是,目前仍然缺乏直接使用病毒基因组数据的定量方法。
 
复旦大学等机构的研究人员基于实验得到的SARS-CoV S-RBD-ACE2复杂结构,进行了大规模蛋白-蛋白对接,从而量化了2019-nCoV S-蛋白受体结合域(S-RBD)与人受体ACE2的相互作用。
 
通过使用蒙特卡洛算法对大量热力学上可能的结合构象进行采样,该方法成功地将实验来源的复合物结构鉴定为最低能量的受体结合构象,从而建立了基于实验的强度参考,可用于评估与SARS-CoV相比之下2019-nCoV受体的结合亲和力。
 
结果表明,这种结合亲和力约为SARS-CoV的73%,这表明2019-nCoV可能导致与SARS-CoV相似的人类传播。
 
因此,这项研究提出了一种快速评估新出现CoV及其突变株人类传播能力的方法,并证明了蛋白质-蛋白质相互作用的后基因组分析可为病毒的预防和控制提供早期科学指导。
 
作者:Qiang Huang, Andreas Herrmann
相关论文信息:
Fast assessment of humanreceptor-binding capability of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV)
DOI: 10.1101/2020.02.01.930537
 
利托那韦和洛匹那韦对武汉肺炎冠状病毒作用靶点的分子模拟评估
 
一种由两种蛋白酶抑制剂,利托那韦和洛匹那韦组成的抗HIV药物Kaletra,对武汉肺炎等冠状病毒疾病可能具有治疗作用。
 
通过同源性建模,中山大学的研究人员建立了两种武汉肺炎冠状病毒蛋白酶:冠状病毒内肽酶C30和木瓜蛋白酶样病毒蛋白酶的结构模型,然后分别将利托那韦和洛匹那韦对接到蛋白酶模型上。

在所有模拟中,利托那韦和冠状病毒内肽酶C30之间的结合最为合适。

另外,与木瓜蛋白酶样病毒蛋白酶相比,利托那韦和洛匹那韦似乎都更适合结合冠状病毒内肽酶C30。

根据这些结果,研究人员认为Kaletra对武汉肺炎的治疗作用可能主要归因于利托那韦对冠状病毒内肽酶C30的抑制作用。
 
作者:Shen Lin, Runnan Shen, Xushun Guo
相关论文信息:
Molecular Modeling Evaluation of theBinding Abilities of Ritonavir and Lopinavir to Wuhan Pneumonia CoronavirusProteases
DOI: 10.1101/2020.01.31.929695
 
研究发现2019-nCoV的高区分度的氨基酸序列
 
通过使用DNA合成顺序的病原体筛选方法,来自美国Raytheon BBN技术公司的研究人员确定了一些氨基酸序列,能够将2019-nCoV(武汉冠状病毒)与冠状病毒科中的所有其他已知病毒区分开来。
 
研究人员发现了三个具有独特序列的主要区域:两个在1ab多聚蛋白QHO60603.1中,一个在表面糖蛋白QHO60594.1中。
 
作者:Jacob Beal, Thomas Mitchell, DanielWyschogrod, Jeff Manthey, Adam Clore
相关论文信息:
Highly Distinguished Amino AcidSequences of 2019-nCoV (Wuhan Coronavirus)
DOI: 10.1101/2020.01.31.929497
 
medRxiv
 
季节性冠状病毒的无症状感染率测量与临床护理寻求
 
2019年12月在中国武汉出现的新型冠状病毒(nCoV)大流行潜力与潜在人类感染的数量和传染性密切相关。
 
美国哥伦比亚大学的研究人员从急性病毒性呼吸道感染的主动纵向采样研究中得出结果,这些感染记录了无症状感染率和季节性冠状病毒的临床护理。
 
研究人员发现大多数感染是无症状的,并且只有4%出现了季节性冠状病毒感染的人会因为症状的出现而寻求医疗服务。
 
这些数字表明,高比例的季节性冠状病毒感染没有被记录过,这也为了解新兴nCoV的传播提供了参考。
 
作者:Jeffrey Shaman, Marta Galanti
相关论文信息:
Direct Measurement of Rates ofAsymptomatic Infection and Clinical Care-Seeking for Seasonal Coronavirus
DOI: 10.1101/2020.01.30.20019612




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1 蒋德明

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