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R语言pheatmap包绘制带有分组的热图(heatmap)
2021-12-3 15:39
热图是做微生物研究的一个最基本的图形,包括相关性热图、丰度热图等,本研究将展示基于R语言的丰度热图绘制步骤。本博文参考https://www.jianshu.com/p/a21a4653fcaf 数据格式如下图 ############################################ #########精美相关性热图绘制################ ###### ...
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jVeen实现Veen图精美展示
2019-12-4 09:44
微生物学研究中,Veen 图能够从宏观的角度对整体微生物进行一个描述,在微生物物学的研究中十分常见。对于Veen图的绘制有多种方法,诸如R,Qiime等。然而,对于生物信息学基础薄弱的人来说,jVeen免费在线平台是一个不错选择( http://jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html)。 &nb ...
个人分类: 平台在线分析|3109 次阅读|没有评论
如何用R语言vegan包进行RDA/CCA分析
2019-10-16 00:27
library(ggrepel) library(vegan) library(ggrepel) phylum=read.csv(phylum.csv,header=T,row.names=1) env=read.csv(env.csv,header=T,row.names=1) phylum1=decostand(phylum,method=hellinger)###对响应变量做hellinger转化 env ...
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