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R语言pheatmap包绘制带有分组的热图(heatmap)

已有 1403 次阅读 2021-12-3 15:39 |个人分类:R语言学习|系统分类:科研笔记

    热图是做微生物研究的一个最基本的图形,包括相关性热图、丰度热图等,本研究将展示基于R语言的丰度热图绘制步骤。本博文参考https://www.jianshu.com/p/a21a4653fcaf

    数据格式如下图数据格式.png

############################################

#########精美相关性热图绘制################

###########################################

setwd("I:\\论文撰写\\CAZymes\\heatmap")

library(pheatmap)

data<-read.csv("Relative abundance_All.csv",header = T,row.names = 1)

head(data,n=3)

###构建样本分组信息#######z

Groups=c(rep("Y",4),rep("S",5),rep("TWA",7))#注意列数要与样本数相同

annotation_c<-data.frame(Groups)

annotation_c

rownames(annotation_c)<-colnames(data)##将新建的annotation_c与数据样品一一对应

data<-log2(data+1)                    #加1是为了基因数目为0时取对数出错

p<-pheatmap(data, cluster_rows = F,      #行聚类,列不聚类

              show_rownames = F,       #不显示行名

              show_colnames = T,      #显示列明 angle_row="15",行名旋转15度,列明相似

              annotation_col = annotation_c,  #对列进行注释即对列进行分组

                    scale="row",             #将数据按行进行标准化

                cellwidth=40 ,         #设置格子大小 cellheigt=""设置格子高

                cellheight = 1,         #设置格子高

                border=F,               #不显示小格子边框

color = colorRampPalette(c("#00FF00","#000000","#FF0000"))(100))     

p                      

微信截图_20211203153720.png



https://wap.sciencenet.cn/blog-3421784-1315015.html

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