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jVeen实现Veen图精美展示

已有 1571 次阅读 2019-12-4 09:44 |个人分类:平台在线分析|系统分类:科研笔记| jVeen, Veen图绘制

     微生物学研究中,Veen 图能够从宏观的角度对整体微生物进行一个描述,在微生物物学的研究中十分常见。对于Veen图的绘制有多种方法,诸如R,Qiime等。然而,对于生物信息学基础薄弱的人来说,jVeen免费在线平台是一个不错选择(http://jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html)。

    Veen图在绘制的过正中数据的整理十分重要!以宏基因组测序中功能基因所编码的酶CAZy数据库中,糖苷水解酶(GH)的Veen 图分析为例。如果试验做三个处理,如何进行Veen图分析?

    首先,需要确定各处理组的每一行是否含有此基因,这时并不考虑基因的丰度,只考虑有无。因此,我们可以用EXCEL函数=IF(A2>,1,0),将有数据信息的单元格用1表示,没有数据的单元格用0表示。

    其次,我们需要区分不同行数据0,1之间的区别。因此,我们可以在EXCEL中重新插入一列(比如D列)将数据每一行行号显示在D列。然后用函数=IF(A2>0,D2&"."&A2,"").此函数的意思是如果A2单元格数值大于0,将D2单元格和A2单元个合并,并在之间加入小数点,如果A2小于0,用空格表示。

    这样数据的处理完成!

    最后通过jVeen在线分析平台进行Veen图的生成。注意:数据所在的文件夹不要有汉字字符,这样系统容易报错。(感谢我的盼宝宝,爱你呦!!)



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