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分子动力学in文件解析(部分)

已有 2737 次阅读 2020-9-14 11:04 |个人分类:分子动力学|系统分类:科研笔记

分子动力学in文件解析(部分)


#随机取向多晶的热生长

units metal 

boundary p p p

atom_style atomic


read_data CuRpoly.lmp


pair_style eam

pair_coeff * * Cu_u3.eam


#Energey equilibration

min_style cg

minimize 1e-15 1e-15 5000 5000


#temp control吧

compute new3d all temp #定义一个compute,并不执行,可在后文中调用如fix,thermostat,等

#compute new2d all temp/partial 0 1 1 



#The calculation of KE excludes the x, y, or z dimensions if xflag, yflag, or zflag = 0. 


#系综 npt:恒温恒压的;nph等焓的;nvt:经典的,简洁的。




# 关于Tdamp的说明 温度阻尼系数



# 关于Pdamp的说明 压力阻尼系数



# 关于 fix temp/rescale 


  




#equilibrate

fix 1 all npt temp 300.0 1000.0 $(100.0*dt) iso  0.0 0.0 $(1000.0*dt)   

fix 2 all temp/rescale 10 900 1000.0 10.00 0.5 #fix ID group-ID temp/rescale N Tstart Tstop window fraction

fix_modify 2 temp new3d   #在这里调用和执行new3d,计算此时系统的温度。

thermo 3000 #每N个时步输出一次参数(温度能量压力)

thermo_modify temp new3d

timestep 0.001

run 15000


#heat

unfix 2

fix 2 all temp/rescale 10 300 1000.0 10.00 1.0 #fix ID group-ID temp/rescale N Tstart Tstop window fraction

fix_modify 2 temp new3d

dump 1 all atom 1500 grain.heat_*.data

#dump 1 all cfg 4000 dump.shear_*.cfg mass type xs ys zs fx fy fz

thermo 3000

thermo_modify temp new3d

reset_timestep 0


run 100000







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