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热搜: 科学 论文
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微生物 物种丰度 网络图 R语言 Gephi network
热度 2 靳泽星 2020-6-25 18:12
最近用使用R和Gephi学习了网络图的制作,借鉴了刘永鑫和刘尧的一些东西。不好意思尧哥,我又要抄作业了。原理什么的我讲不清楚主要写操作方法。想知道其中的一些原理的可以关注微信公众号生信小白鱼。首先,你需要一个微生物物种绝对丰度表。像这样: 之后你需要将这个相对丰度表转 ...
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生信 python 练习题 把每条FASTA序列分割成80个字母一行的序列
靳泽星 2020-6-13 17:49
最近发现学习python的方法在于完成一个个小课题,这样对于个人对于python的掌握提高很大。这一次分析一段将fasta文件中的每一段序列分割成80个字母一行的序列。首先我有这样一个fasta文件。 执行完代码之后就会得到这样一个文件 先把完整代码展示一下 #前面这部分就是把这个fasta文件的基因名字和序列放入到字典 ...
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R语言 PCA PCoA ggplot2
靳泽星 2020-5-4 20:56
这一篇是衔接上一篇的,就是要用ggplot2程序包对PCA和PCoA进行可视化。代码我直接照搬过来了,只是绘图的时候用ggplot函数。ggplot2包实现了一个在R中基于全面一致的语法创建图形时的系统。这提供了在R中画图时经常缺乏的图形创造的一致性并允许我们创建具有创新性和新颖性的图标类型,ggplot2中,图是采用‘+’号串联的, ...
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R 语言 PCA PCoA 区别
靳泽星 2020-4-14 23:27
PCA(principal component analysis)中文名字叫主成分分析:基于特征向量的排序方法,分析对象是原始的定量数据。排序图展示样方之间的欧氏距离。 PCoA(principal coordinate analysis)中文名字叫主坐标分析:分析对象为距离矩阵,而非原始的样方-变量矩阵。因此可以灵活选着关联测度。 这样我们就发现了这两种非约束 ...
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python3 fasta txt seq contig等纯文本文件的读取 写入
靳泽星 2020-2-15 15:09
#文本文件的读取,同样的如果'序列文件.txt'不在当前工作目录下,需要写出详细的文件路径。与window系统不同,在linux系统中工作路径需要用到'/',而不是'\'。参数'r'意思为以只读方式打开。 fr=open('序列文件.txt','r') for i in fr: #这 ...
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python3 计算 基因组测序结果文件 各碱基数目(个人练习)
靳泽星 2020-2-13 20:03
基因组测学回来的结果后,从assembly(组装)里找到序列文件,格式可能是:.fasta、.fastq、.seq、和.contig。fastq要转化为fasta,转化方法网上一大把哈。我的基因组序列是一个.seq文件: $首先先呈上代码 seq=open('SK007.seq','r') count={} for i in seq: &nb ...
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α多样性指数变化趋势
靳泽星 2020-2-8 08:55
本绘图方法基于R语言实战(R in action),基于图形初阶的方法,使用R软件自带的plot()函数绘图,基础的分为5步 attach(data)#对data添加路径索引:attach(data)后就可以引用直接引用data中的元素了 plot(x,y)#绘图 abline(lm(y~x))#添加拟合曲线 title(图形标题)#添加标题 detach(data)#撤销attach建立的路 ...
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R语言 堆叠柱状图 物种丰度直方图
靳泽星 2019-12-20 21:04
#使用ggplot2包绘制物种丰度直方图 #首先安装ggplot2包,并载入 install.packages(ggplot2) library(ggplot2) #OTUs相对丰度矩阵表(以97%的相似度为聚类阈值的分析结果) #安自己的实验设计整理,第一列是行名(row.names=1)(#门水平top10,others是将剩余低丰度门的进行#了求和) #读取数据 sss-re ...
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R 语言 常用的小操作 小技巧
靳泽星 2019-11-20 20:50
①head()或者tail() 用法:data-read.csv(seq.csv,row.names=1)#将文件赋值给data head(data)#查看data的前6行 tail(data)#查看data的后6行 ...
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R 绘制 韦恩图(venn图)
靳泽星 2019-11-19 22:15
绘制韦恩图需要的包是VennDiagram,可以看我之前的博客安装和加载R的包的操作,绘制的Venn图样式会如下图所示。这个包只能绘制2~5样本,就是说如下图是4个圈叠加在一起,这个包绘制的Venn图只能是最少2个椭圆圈,最多5个椭圆的。 比如你有9个样本,样本1,样本2,样本3......样本9,样本1-3是低温处理, ...
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