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R语言 堆叠柱状图 物种丰度直方图

已有 8160 次阅读 2019-12-20 21:04 |系统分类:科研笔记

#使用ggplot2包绘制物种丰度直方图

#首先安装ggplot2包,并载入

install.packages(ggplot2)

library(ggplot2)


#OTUs相对丰度矩阵表(以97%的相似度为聚类阈值的分析结果)

image.png

#安自己的实验设计整理,第一列是行名(row.names=1)(#门水平top10,others是将剩余低丰度门的进行#了求和)

image.png

#读取数据

sss<-read.csv("sptop10.csv",row.names=1)

#使用factor()函数,并指定levels选项进行排序(这个levels和表格里面的level没有半毛钱关系,它是factor()函数里的一个参数)

sss$level<-factor(sss$level,levels=c(“Robinia”,“Clover”,“Control”,“In-situ”)) #设置顺序

sss$sample<-factor(sss$sample,levels=c(“1”,“2”,“3”)) #设置顺序

#设置了一个颜色向量colors

colors<-c("#984EA3","cyan3","brown3","burlywood2","darkorange","chartreuse4","darkseagreen",

"dodgerblue4","gold","darkolivegreen3","grey50")  #颜色


#绘图

#aes()函数的功能是指定每个变量扮演的角色,这里变量sample的值映射到沿x轴的距离上,变量value的值映#射到沿y轴的距离上。

#ggplot()函数指定要绘制的数据源和变量

#几何函数geom_bar()指定这些变量以柱状图的形式展示,参数position="fill"垂直的堆叠条形图并规范其高

#度相等

ggplot(sss,aes(x=sample,y=value,fill=species))+

geom_bar(position = "fill",stat="identity")+

theme_bw()+

facet_grid(.~level)+ #设置分组;每个level水平的独立图,配置成一个单行。

scale_fill_manual(values=colors)+

labs(x="Depth(cm)",y="Relative Abundance",fill="Phylum")#添加标题

结果如下图


image.png




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