利用Hi-C技术辅助完善雷蒙德氏棉基因组

杨秋红，左东云，程海亮，张友平，王巧莲，JAVARIA Ashraf，冯晓旭，

李思敏，陈小芹，刘上，宋国立*

[背景] 准确的生物基因组序列在基础研究和应用研究中都非常重要，雷蒙德氏棉（DD）是陆地棉（AADD）D亚组的祖先，所以提高雷蒙德氏棉基因组的准确性很有必要。

[方法] 我们对雷蒙德氏棉进行了Hi-C测序，利用得到的Hi-C数据和以前发表的雷蒙德氏棉的二代测序结果进行基因组组装，通过对组装好的基因组与已发表的基因组进行比较来评估组装效果。[结果] 98.42%的scaffolds都成功被聚类到染色体上，其中的99.72%在染色体内部的序列已确认。在这些已确认的scaffolds中，99.92% 都被准确定向。通过Hi-C热图分析和共线性分析证明Hi-C辅助组装的雷蒙德氏棉基因组较之前发表的雷蒙德氏棉基因组(Wang et al. 2012)有了很大的改善。

[结论] Hi-C辅助组装的雷蒙德氏棉基因组不仅可以为以后的研究提供一个优质基因组参考序列，也为棉花基因组的组装提供了一种可行的方法，而且Hi-C数据可以作为后续雷蒙德氏棉3D基因组研究的基础数据。

*:通信作者

Title: Improved Gossypium raimondii genome using a Hi-C-based proximity-guided assembly

https://jcottonres.biomedcentral.com/articles/10.1186/s42397-021-00096-2