新一代测序

高通量测序RNA-seq

RNA-seq

新一代测序技术（NGS）可以生成高通量RNA-seq数据，深入研究转录组，包括454, illumina, SOLiD and Ion Torrent技术，以及先进的单分子long-reads测序方法，包括PacBio and nano-pore sequencing（纳米孔测序）。高通量测序的易用性使得长非编码（IncRNA）的识别成为可能，根据基因组定位这些IncRNA可分为基因间、基因内，有意义、反义和双向的IncRNA，IncRNA在植物中转录通过聚合酶II、IV and V进行，并通过RNA导向的DNA甲基化（RdDM）靶向表观遗传调控。（通过组蛋白修饰、染色体环化等多种机制调控基因表达）

NGS的优点：快速、可重复和高精度的测序技术。

高通量RNA测序

转录组包括包括存在于细胞中的一整套转录本和在特定的发育阶段和细胞条件下的表达水平。

RNA反转录成cDNA，然后用NGS平台，对cDNA片段进行随机测序，通过生物信息学方法将数百万条reads组装在一起，然后映射在参考基因组上的位置；还包括直接对RNA进行测序（DRS），该方法可用于确定准确的序列，识别选择性聚腺苷酸化位点。

在cap辅助的基因表达（CAGE）技术中，以5’cap为靶点，短序列标签由5’端产生；基因表达序列分析（SAGE）是针对多腺化信息的RNA分子测序的另一种方法，在3’端标记；同样的，双端标记（PET）在RNA分子的5’端和3’端产生序列标记。

这种高通量RNA-seq有助于发现转录本（mRNA、ncRNA和sRNA），有助于确定5’端和3’端剪接位点、剪接模式和转录后修饰。转录产物的量化表示基因在不同条件下的表达变化。

参考：

http://dx.doi.org/10.5772/intechopen.72773