衡量基因表达量的RPKM和FPKM两种方法

RPKM（Reads Per Kilobase per Million）和FPKM（Fragments Per Kilobase per Million）

同一个样本中基因A和基因B的相对表达量，或者不同样本中，同一个基因的相对表达量。

引入“每一千碱基（per kilobase）”的原因在于，不同的RNA可能有不同长度，长度越长，对应的reads就越多。当每个RNA都除以自身长度（以1000碱基为单位）时，就可以比较同一个样本中不同基因的相对表达量了。相似地，引入“每一百万reads”的原因是，不同的样本可能测序的深度不一样，深度越深，当然对应的reads就越多了。如果结果除以各自库的数量（以一百万reads为单位），那么我们就能很好地衡量两个不同样本中同一个基因的相对表达量。

RPKM是将Map到基因的Reads数除以Map到Genome的所有Read数(以Million为单位)与RNA的长度(以KB为单位)。

FPKM是将Map到基因的Fragments数除以Map到Genome的所有Read数(以Million为单位)与RNA的长度(以KB为单位)。

计算方法

第一步先将测序深度标准化，计算方法很简单，先分别计算出每个样本的总reads数，然后将表中数据分别除以总reads数即可，这样就得到了reads per million。

第二步是基因长度的标准化。将第一步的read per million直接除以基因长度即可。

FPKM和RPKM的定义是相同的，唯一的区别是FPKM适用于双端测序文库，而RPKM适用于单端测序文库。

TPM的不同在于它的处理顺序是不同的。即先考虑基因长度，再考虑测序深度。