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R语言中安装biom包,读取.biom文件

已有 10868 次阅读 2018-5-29 10:39 |个人分类:生物统计软件|系统分类:科研笔记| R package, biom文件, biom包

biom格式介绍 http://biom-format.org/

biom格式与txt格式转换http://biom-format.org/documentation/biom_conversion.html


由于R-3.3.1无法直接使用 install.packages("biom") 安装该包,故采用如下方法安装

https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/biom/下载biom_0.3.12.tar.gz,或在附件中下载,

打开R或Rstudio,首先安装dependency 'RJSONIO',再安装"biom",代码如下,


注意第三行R包的位置需要自行修改为biom_0.3.12.tar.gz所在位置。

刚开始学习,如有错误,敬请指正。


biom_0.3.12.tar.gz







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