官方网站 https://docs.qiime2.org/2018.4/

中文安装帮助文档 https://forum.qiime2.org/t/qiime2-chinese-manual/838

安装教程 https://blog.csdn.net/metlab_work/article/details/77920279

此处为按照教程安装的情况以及出现的问题

前期准备：

进入Ubuntu系统，保持网络畅通

过程中出现有线连接但上不了网的情况，查了许多教程，如https://blog.csdn.net/bthsky/article/details/68936048；https://blog.csdn.net/noob_f/article/details/51099040。

最后直接在虚拟机关机情况下选择“编辑→虚拟网络编辑器→还原默认设置”。

方法：

1.  打开终端，输入“sudo -s”获取root权限；输入“python -V”检查python版本

2.  安装Miniconda: 前往http://conda.pydata.org/miniconda.html下载与Python相适宜的版本： Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 或 Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh（2或3指的是python的版本）

建议安装Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh，很多生物软件都向python3过渡，使用

python --version

查看自己的python版本，一般系统安装两个版本的python，默认为python2，若要修改版本，使用如下命令修改优先级：

sudo update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python2 100
sudo update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3 150

此时再查看python的版本，已修改为python3。

若要再改回python2，输入命令

sudo update-alternatives --config python

按照提示输入选择数字回车即可。

3.  下载后，设置目录至安装包所在文件夹，输入命令“sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh”（此处采用版本3，若是2的话改为2即可）→回车表示统一安装协议→空格翻到底，读完协议→输入“yes”安装在默认路径下→输入“yes”，最后选择加入路径，即可完成安装（可以尝试更改安装路径，但我没成功）

4.  关闭终端（非常重要）

5.  打开终端，输入“conda”（输出屏幕conda 的文档表示安装成功）

6.  输入“conda create -n qiime2-2017.7 --file https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2017.7-conda-linux-64.txt”，将会自动安装QIIME2-2017.8版本，等待安装完成（这一步会下载很多东西，若因网络问题有下载不成功的，多尝试几次，直至全部成功为止）（下载的东西在/miniconda3/envs/qiime2-2017.8目录下）

7. 任意路径下，加载qiime2，激活工作环境，输入“source activate qiime2-2017.8”(激活成功后，每条命令行的开头都会自带一个（qiime2）)

8. 测试QIIME2，输入“qiime --help”(输入后，最终返回帮助信息，表示安装成功)

9. 分析完毕，输入“source deactivate” 关闭工作环境，注意不用时关闭，不然其它程序可能会出错

或直接使用VirtualBox安装，具体见https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/74058949

                                                    http://blog.sciencenet.cn/blog-2970729-1056168.html

此种方法更为简单，不易出错，其他实用小操作会陆续补充

双向复制粘贴的设置见https://blog.csdn.net/pan_tian/article/details/22619687