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VMD Tcl脚本统计氢键数目注意点
赵志强 2021-11-2 23:03
在使用VMD的Tcl脚本进行氢键数目统计的时候一定要注意lammps data文件的格式
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为什么反应力场中不能使用neigh_modify exclude排除掉一种原子类型与另一种原子类型的相互作用
赵志强 2021-1-8 15:57
参考: https://lammps.sandia.gov/threads/msg62050.html
个人分类: MD|1103 次阅读|没有评论
分子力场下载
赵志强 2021-1-4 22:46
http://kiff.vfab.org/
个人分类: MD|862 次阅读|没有评论
模仿LAMMPS fix ave/time的时间平均代码
赵志强 2020-6-29 09:40
LAMMPS fix ave/time的用法如下,模仿这个平均规则写了个python小脚本(见附件) TimeMean.py
个人分类: MD|2652 次阅读|没有评论
使用VMD渲染高分辨率的图片
赵志强 2020-6-8 19:20
参考: http://bbs.keinsci.com/thread-9178-1-1.html 使用VMD渲染高分辨率图片的步骤如下: VMD Main中选择File----Render,然后选择Tachyon作为渲染器,然后点击Start Rendering会在VMD的目录中生成vmdscene.dat文件(里面包含了绘制图像所需要的信息) Windows下使用xxx.bat文件进行将vmdscene.dat中 ...
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LAMMPS error的解决
赵志强 2020-5-26 20:51
最近用LAMMPS的时候遇到一个非常boring的错误: ERROR: Expected floating point parameter in input script or data file (../pair_lj_cut_coul_long.cpp:630) 最终还是在Google上面找到了解决办法: https://lammps.sandia.gov/threads/msg73070.html
个人分类: MD|4049 次阅读|没有评论
Pair_style lj/cut command
赵志强 2020-5-25 21:24
本文参考自:LAMMPS-mannual LAMMPS mannual中包含一系列的pair_style lj/cut command,比如我经常使用的: pair_style lj/cut command pair_style lj/cut/coul/cut command pair_style lj/cut/tip4p/long command 对于Tip4p的水模型:
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[转载]Tcl语言中的控制结构命令
赵志强 2020-5-15 09:10
本文转载自: https://www.cnblogs.com/huguodong/p/5882597.html (转载请注明) 一、引言 控制结构允许程序根据不同的状态、条件和参数来选择不同的处理和执行路径,从而使代码具有更强的灵活性、健壮性和可读性。 Tcl 提供了 if 、 if/else 、 if/elseif 、 foreach 、 for 、 while ...
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[转载]VMD里原子选择语句的语法和例子
赵志强 2020-5-14 21:13
VMD里原子选择语句的语法和例子 转载自: http://sobereva.com/504
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GMT+8, 2021-12-4 10:42

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