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均相时间分辨荧光HTRF技术理解
2020-4-6 21:58
HTRF供体选用的是稀土元素,其荧光发射时间远比普通荧光基团发射时间长。因此在延迟一段时间之后,进行荧光检测,基本避免了系统中其他荧光信号的影响。如图,给体在受到激发之后除了自身发射荧光之外,当受体距离较近时,给体会向受体发生荧光共振能量转移, ...
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VMD 使用总结
2020-3-24 14:48
(1)使用VMD输出高分辨率图片 File-Render,Render the current scene using中选择Tachyon,在Render Command里命令后面加入“-res 2048 2048”,点击Start Rendering即可。分辨率可以根据图片要求随意调节。
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HADDOCK使用总结
2020-3-21 09:26
(1)关键结果文件目录: 保存的结果文件中,有一个index文件,可以以网页形式打开,里面有最基本的一些数据。但是网站上提供的是排名前10类构象的得分的类大小情况,当聚类数目大于10时,其他情况不太好的类的相关信息,可以在结果文件夹里查找: 所有类的HADDOCK SCORE得分: job_name\structures\it1\cluste ...
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动力学模拟中残基的磷酸化
2019-5-22 11:25
根据以往的实验结果,磷酸化残基的第二个质子的pKa大约在6左右。因此在中性条件下,磷酸化的残基大部分以无质子的负二价磷酸盐存在,少部分以带一个质子的负一价磷酸盐存在。使用相关软件处理相关残基时,软件一般都会默认处理成无质子的负二价磷酸盐。 参考文献:(1)N. Homeyer, A ...
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[AMBER]体系径向分布计算
2019-2-22 22:16
1. 计算体系中水的径向分布 parm 拓扑文件名 trajin 轨迹文件名 radial 输出文件名 0.1 20 :WAT@O volume 注意:(1)最好加上volume参数,这是使用输入文件的体系密度进行对比。假如不使用volume参数,则会使用水的密度0.033456进行对比,这时候计算出来的结果经常不趋近于1. (2)计算量消耗较大, ...
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溶解和混溶
2019-2-21 15:33
溶解是溶质分散于溶剂成为溶液的过程,溶质具有一定的溶解度。 混溶就是几种物质混在一起,可以以任意比例相互融合的现象。
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[转载]adobe-PDF问题集锦
2019-2-18 15:23
问题1 : PDF文件在Adobe Acrobat Pro中设置背景颜色后,出现白色的线,是什么原因?如何解决? 解决方法: pro X版本,辅助工具修改背景后,有很多白色的条形,后来取消了“页面显示/使用2D图形加 速”,之后就OK了,网上没有任何求解的,记录下来,以飨读者。
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[转载]【转载】认清虚拟筛选中的陷阱
2019-2-18 11:23
【转载】认清虚拟筛选中的陷阱 原创文章,作者: 小墨 ,如若转载,请注明出处:《认清虚拟筛选中的陷阱》http://blog.molcalx.com.cn/2019/01/01/pitfalls-in-virtual-screening.html 摘要: 虚拟筛选的目的是利用蛋白质靶标或已知生物活性配体的相关信息通过计算的方法来识别具有活性的化合物。虚拟筛选有众多的 ...
个人分类: 虚拟筛选|6839 次阅读|没有评论
测试虚拟筛选方法时数据集的选择
2019-2-17 21:54
To the best of our knowledge, we provide here for the first time several high throughput screening data mimicking real life scenarios in which all true positives and true negatives are known. Such benchmarking data are, to our opinion, much more valuable than commonly used benchmarks in which activ ...
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使用Amber计算溶剂可及表面(SASA)
2019-1-17 14:52
使用Amber软件进行动力学模拟之后,有时会对轨迹的蛋白溶剂可及表面(SASA)进行分析,Amber软件中提供了两种方法进行计算,分别是molsulf和surf,下面简要介绍一下这两个算法的特点及应用: (1)当计算比较整个蛋白的溶剂可及表面时,推荐使用molsurf算法,因为surf算法比较陈旧,molsurf算法更新也更准确;注意,mo ...
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GMT+8, 2022-12-5 05:36

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