OPLS-AA力场中的sigma参数为什么比amber中的大

冯凌 2018-8-23 22:42

最近阅读文献，想使用OPLS-AA中的力场参数，发现OPLS-AA力场中的原子的非键参数epsilon（ε）相同，但是sigma（σ）参数和amber中的对不上，最后发现两个力场中sigma（σ）参数的定义有点区别： OPLS-AA力场使用的是σ Amber默认状态下使用的是rmin/2 所以出现了差别！ 下式为两者的换算关系： 另外， ...

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MD模拟中的盒子大小问题

冯凌 2018-6-29 23:03

The most important question to ask now is why choose 1.2 nm? The short answer is that you don't want the protein to 'see' its periodic image across the boundary of the box. If you refer to the original paper for the AMBER 03 force field (Duan, et al., J. Comput ...

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image和autoimage，iwrap和unwrap

冯凌 2018-6-22 15:44

autoimage（Automatically re-image coordinates 坐标自动重新成像） Automatically center and image (by molecule) a trajectory with periodic boundaries. For most cases just specifying’autoimage’ alone is sufficient. The ’anchor’ molecule (default the first molecule) will be centered; all’fix ...

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amber 参数

冯凌 2018-6-20 09:32

scee静电比例常数，默认值1.2；scnb范德华比例常数，默认值2.0。一般不需要更改，注意！Amber11之后这两个参数只在拓扑文件中产生，而不在Sander中运行了。 scee Usage: scee value Allows the user to set/change the value of the electrostatic scaling constant that will be used to scale 1-4 electrostati ...

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Amber问题-MD中什么情况需要给模拟的蛋白加ACE/NME封端

冯凌 2018-6-10 22:13

一般对多肽进行模拟时，需要给N端和C端分别加上ACE/NME的封端，其中最主要的原因是化学家在合成这些多肽时合成的就是加封端的多肽，为什么是这样呢？ 主要有两个原因，一个是为了合成的方便，因为氨基酸的两端都可以反应，所以将首尾的氨基酸不参与反应的氨基或者羧基保护住，就避免了发生其他副反应，导致合成的多肽不纯 ...

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Amber问题-带电荷的小分子antechamber怎样处理

冯凌 2018-6-10 16:32

对于带有电荷的小分子，在使用 antechamber计算电荷的时候，需要使用 -nc flag，具体用法见下面语句，以下内容转载自amber QA http://archive.ambermd.org/201010/0417.html If the molecule is charged in the system of interest, please use the -nc flag with antechamber as in ...

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使用modeller修复蛋白缺失loop

冯凌 2018-5-24 10:35

对于PDB中存在缺失loop信息的，可以使用Schrodinger软件的Protein Prepare Wizard 进行loop的修复。PDB中不存在缺失loop信息时，可以使用Schrodinger软件的Crosslink proteins进行loop的修复。但是当缺失loop残基数超过20时，这两个模块都无法正常运行，这时可以选择使用modeller修复loop。 该网址是modeller官网详细 ...

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